More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7131 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
281 aa  557  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  48.98 
 
 
300 aa  271  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
294 aa  268  7e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.32 
 
 
301 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
278 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.98 
 
 
301 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  51.47 
 
 
278 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
273 aa  261  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
298 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
273 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
278 aa  255  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
295 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  49.28 
 
 
272 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46 
 
 
296 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 
294 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  46.18 
 
 
295 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.74 
 
 
298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  47.62 
 
 
296 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
294 aa  219  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  36.4 
 
 
281 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
283 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
284 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
268 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.69 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.66 
 
 
275 aa  96.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.91 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.91 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.52 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.52 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.52 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.52 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  29.32 
 
 
264 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.72 
 
 
264 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  32.05 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.52 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.52 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  29.2 
 
 
264 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.15 
 
 
264 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
272 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
264 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  29.57 
 
 
272 aa  89.7  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.2 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.05 
 
 
269 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  28.35 
 
 
273 aa  89  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  28.4 
 
 
264 aa  89  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  26.89 
 
 
256 aa  89  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  28.63 
 
 
256 aa  88.6  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  29.41 
 
 
273 aa  88.2  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  29.41 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.22 
 
 
263 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.14 
 
 
272 aa  88.2  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.79 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.24 
 
 
256 aa  87.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  31.47 
 
 
268 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.19 
 
 
267 aa  86.3  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
268 aa  86.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.73 
 
 
268 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  26.05 
 
 
256 aa  85.9  6e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  27.21 
 
 
293 aa  85.9  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  27.45 
 
 
265 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.98 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.68 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.1 
 
 
264 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.82 
 
 
281 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.95 
 
 
256 aa  83.6  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  29.67 
 
 
286 aa  83.2  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.83 
 
 
268 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.36 
 
 
286 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.972141 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  27.97 
 
 
272 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  28.69 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.75 
 
 
279 aa  82.8  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.05 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.05 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.06 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.75 
 
 
262 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  29.18 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.41 
 
 
265 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.87 
 
 
286 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.52 
 
 
256 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.02 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.14 
 
 
277 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.06 
 
 
257 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
270 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.02 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  30.71 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.42 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  29.92 
 
 
256 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  25.78 
 
 
276 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>