More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5605 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_7122  putative adenylate/guanylate cyclase  69.18 
 
 
447 aa  650    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.526481  normal  0.239769 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5605  adenylate cyclase  100 
 
 
450 aa  925    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5969  putative adenylate/guanylate cyclase  69.84 
 
 
447 aa  657    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.552237  normal  0.155439 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4590  putative adenylate/guanylate cyclase  61.5 
 
 
494 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480836  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3188  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  35.57 
 
 
411 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3512  adenylate/guanylate cyclase  35.57 
 
 
411 aa  227  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.596783  normal  0.617288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5435  hypothetical protein  33.76 
 
 
404 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  0.185404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1213  adenylate/guanylate cyclase  33.96 
 
 
399 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.782915  normal  0.51515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3384  adenylate/guanylate cyclase  35.52 
 
 
427 aa  217  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.141185  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4273  putative adenylate/guanylate cyclase  33.51 
 
 
421 aa  216  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3791  adenylate/guanylate cyclase  33.17 
 
 
410 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3496  adenylate/guanylate cyclase  32.49 
 
 
407 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.7892 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2756  putative adenylate/guanylate cyclase  31.49 
 
 
406 aa  201  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3770  adenylate/guanylate cyclase  30.51 
 
 
405 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154148  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4896  putative adenylate/guanylate cyclase  32.05 
 
 
401 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.549571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1395  adenylate/guanylate cyclase  31.37 
 
 
399 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0858263  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2619  adenylate/guanylate cyclase  31.59 
 
 
381 aa  190  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.556471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0986  adenylate/guanylate cyclase  32.03 
 
 
400 aa  186  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0675159  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0854  adenylate/guanylate cyclase  33.16 
 
 
464 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2471  adenylate/guanylate cyclase  32.04 
 
 
391 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3482  adenylate/guanylate cyclase  30.05 
 
 
405 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.285449  normal  0.641305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0773  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  33.67 
 
 
465 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4661  putative adenylate/guanylate cyclase  32.17 
 
 
424 aa  180  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.249101  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0574  adenylate/guanylate cyclase  29.77 
 
 
396 aa  179  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0606  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.91 
 
 
466 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.387711  normal  0.106969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0617  adenylate/guanylate cyclase  28.91 
 
 
424 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654981  normal  0.11859 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2654  adenylate/guanylate cyclase  30.87 
 
 
517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6772  adenylate/guanylate cyclase  29.72 
 
 
416 aa  163  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.942447  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0582  adenylate/guanylate cyclase  29.46 
 
 
425 aa  162  9e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0247859  hitchhiker  0.00751197 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2375  adenylate/guanylate cyclase  31.58 
 
 
348 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.165554  decreased coverage  0.00302475 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2359  adenylate/guanylate cyclase  30.89 
 
 
370 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071599  normal  0.155439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5268  adenylate/guanylate cyclase  30.11 
 
 
379 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0287319  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7519  adenylate/guanylate cyclase  29.58 
 
 
426 aa  156  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.156263  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2682  adenylate/guanylate cyclase  30.91 
 
 
367 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3196  adenylate/guanylate cyclase  30.36 
 
 
406 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3875  putative adenylate/guanylate cyclase  31.76 
 
 
367 aa  154  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.579671  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3993  putative adenylate/guanylate cyclase  26.21 
 
 
388 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339564  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0836  adenylate/guanylate cyclase  27.25 
 
 
401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.805634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0018  adenylate/guanylate cyclase  23.99 
 
 
420 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0956  adenylate/guanylate cyclase  26.2 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1583  adenylate/guanylate cyclase  33.96 
 
 
483 aa  93.2  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000336338  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1276  hypothetical protein  26.79 
 
 
701 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6677  ferredoxin  36.81 
 
 
577 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869083  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1277  hypothetical protein  26.57 
 
 
701 aa  89  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0661  adenylate/guanylate cyclase  27.4 
 
 
1133 aa  86.7  8e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1131  adenylate cyclase  27.5 
 
 
483 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0662  adenylate/guanylate cyclase  27.54 
 
 
1130 aa  85.5  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1135  adenylate cyclase  27.5 
 
 
483 aa  84.7  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00483  adenylate cyclase  32.89 
 
 
358 aa  83.6  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0091  adenylate/guanylate cyclase  28.04 
 
 
859 aa  83.6  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.101175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3943  adenylate/guanylate cyclase  32.18 
 
 
592 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3744  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  28.04 
 
 
858 aa  82  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0078  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  29.56 
 
 
585 aa  81.6  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0981996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2802  adenylate/guanylate cyclase  25.7 
 
 
702 aa  80.9  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.523853  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0494  adenylate/guanylate cyclase  33.77 
 
 
364 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4265  putative adenylate/guanylate cyclase  28.17 
 
 
488 aa  79.7  0.00000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2515  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.96 
 
 
650 aa  79.3  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.764918 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2195  putative adenylate/guanylate cyclase  33.75 
 
 
641 aa  78.2  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.595097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1770  adenylate/guanylate cyclase  32.31 
 
 
589 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.181318  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2413  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  26.51 
 
 
861 aa  77  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1889  putative adenylate/guanylate cyclase  28.42 
 
 
645 aa  77  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2543  adenylate/guanylate cyclase  29.68 
 
 
712 aa  77  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000118563  normal  0.086844 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3462  putative adenylate/guanylate cyclase  29.03 
 
 
651 aa  76.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5738  adenylate/guanylate cyclase  30.12 
 
 
553 aa  76.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.231489 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3461  adenylate/guanylate cyclase  29.41 
 
 
459 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3090  putative Chase2 sensor protein  27.72 
 
 
614 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3704  ferredoxin  34.72 
 
 
592 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0353  adenylate/guanylate cyclase  26.38 
 
 
699 aa  75.1  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.213992 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0671  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  28.83 
 
 
500 aa  75.9  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0415363  normal  0.502054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0831  adenylate/guanylate cyclase  24.48 
 
 
643 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0343  transmembrane sensor-like domain-containing protein  24.07 
 
 
638 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0163  adenylate/guanylate cyclase  31.33 
 
 
469 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0163377  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2648  adenylate/guanylate cyclase  32.69 
 
 
464 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1205  adenylate/guanylate cyclase  29.75 
 
 
724 aa  74.7  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000104961  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0559  adenylate/guanylate cyclase  26.29 
 
 
523 aa  74.3  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.855978  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4795  adenylate/guanylate cyclase  30 
 
 
528 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5181  putative adenylate/guanylate cyclase  30 
 
 
528 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0517978 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4881  putative adenylate/guanylate cyclase  30 
 
 
528 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0270875 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3735  adenylate/guanylate cyclase  25.3 
 
 
860 aa  73.9  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0169064  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1477  putative adenylate/guanylate cyclase  25.87 
 
 
903 aa  73.6  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.861008  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0647  adenylate/guanylate cyclase  24.87 
 
 
911 aa  73.2  0.000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.707555  normal  0.864231 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2343  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  25.4 
 
 
465 aa  72.8  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1502  adenylate/guanylate cyclase  30.17 
 
 
561 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000770351  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0663  putative adenylate/guanylate cyclase  30.37 
 
 
632 aa  72.4  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.389437  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1735  adenylate/guanylate cyclase  28.49 
 
 
564 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.240199  hitchhiker  0.00356206 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4017  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.67 
 
 
701 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3163  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  25.58 
 
 
643 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1046  adenylate/guanylate cyclase  27.56 
 
 
726 aa  71.6  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000197957  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1295  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  26.65 
 
 
584 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1802  adenylate/guanylate cyclase  29.41 
 
 
591 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28331  guanylate cyclase  31.58 
 
 
632 aa  71.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.345698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4085  adenylate/guanylate cyclase  26.63 
 
 
746 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2575  adenylate/guanylate cyclase  27.94 
 
 
740 aa  71.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0521558  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0400  adenylate/guanylate cyclase  24.56 
 
 
864 aa  70.9  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3665  adenylate/guanylate cyclase  28.51 
 
 
439 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.715111 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1062  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30.68 
 
 
744 aa  70.1  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.171253  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0401  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  28.1 
 
 
797 aa  70.1  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.173302  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3501  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  29.51 
 
 
652 aa  69.7  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.703236  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1858  adenylate/guanylate cyclase  27.1 
 
 
734 aa  69.3  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.88873  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1264  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  26.28 
 
 
584 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>