More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5481 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 303 aa  632  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  76.16 
 
 		 303 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  75.83 
 
 		 303 aa  487  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  58.8 
 
 		 303 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  57.86 
 
 		 302 aa  387  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 313 aa  344  8.999999999999999e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 304 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  326  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 304 aa  322  5e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 309 aa  322  6e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 303 aa  317  1e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 304 aa  315  8e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 321 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 306 aa  314  9.999999999999999e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 340 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  47.64 
 
 		 314 aa  312  4.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 313 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 315 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  46.28 
 
 		 307 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  48.51 
 
 		 334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 334 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 308 aa  299  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  47.14 
 
 		 315 aa  296  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 301 aa  293  4e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3953  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 297 aa  292  6e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 310 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 334 aa  288  9e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 334 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 334 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 303 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 298 aa  278  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 338 aa  276  3e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 303 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 303 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 342 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 303 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1380  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 297 aa  269  4e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 323 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 335 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  43.89 
 
 		 435 aa  265  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 415 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 318 aa  265  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 428 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 324 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 299 aa  264  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 318 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 302 aa  263  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 301 aa  262  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 303 aa  262  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 313 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 322 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  42 
 
 		 297 aa  254  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3326  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.424785 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.84 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  252  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1665  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0884032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 314 aa  248  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 305 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1429  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>