More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5035 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5035  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
294 aa  594  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4513  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  54.2 
 
 
297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0726743  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6412  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  53.33 
 
 
297 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524368  normal  0.397204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3337  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  52.6 
 
 
297 aa  278  7e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2433  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.93 
 
 
295 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1592  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  54.42 
 
 
294 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.942864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4274  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347219  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1143  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3196  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.44 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00788547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1251  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  40 
 
 
298 aa  198  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.65 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.383553  normal  0.478459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1160  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206524  normal  0.0135112 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  38.85 
 
 
296 aa  195  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.85 
 
 
296 aa  195  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  38.85 
 
 
296 aa  195  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  38.85 
 
 
296 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  38.51 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  38.51 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  38.51 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  38.51 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  38.51 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  38.7 
 
 
294 aa  192  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  38.7 
 
 
294 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  38.7 
 
 
294 aa  192  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  38.7 
 
 
294 aa  192  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  38.7 
 
 
294 aa  192  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1807  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.6 
 
 
296 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  40.41 
 
 
294 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3567  tartronate semialdehyde reductase  39.19 
 
 
296 aa  185  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.795052 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  39.38 
 
 
294 aa  185  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21180  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.25 
 
 
296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.542348 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  33.92 
 
 
296 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.5 
 
 
303 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  37.14 
 
 
303 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1316  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.03 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823499  normal  0.0105684 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6400  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.11 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1953  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.32 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.24 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  38.01 
 
 
294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0236  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.16 
 
 
284 aa  171  1e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355607  normal  0.156106 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5264  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.68 
 
 
287 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.764411  normal  0.268691 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.01 
 
 
300 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5161  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  39.21 
 
 
297 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1977  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.96 
 
 
287 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142603 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  38.01 
 
 
294 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.92 
 
 
309 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1286  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.37 
 
 
297 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.648289  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  37.32 
 
 
305 aa  169  6e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.52 
 
 
296 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.59 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1265  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.32 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.92382  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0209  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  32.75 
 
 
294 aa  166  4e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.75 
 
 
283 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6125  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.22 
 
 
264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3126  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.56 
 
 
300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2927  tartronate semialdehyde reductase  37.1 
 
 
299 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.378474 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2161  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.79 
 
 
299 aa  160  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387864 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4931  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  31.83 
 
 
293 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.684033  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.24 
 
 
291 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  32.47 
 
 
286 aa  160  3e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.08 
 
 
293 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4985  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.46 
 
 
289 aa  158  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.888648  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1940  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.97 
 
 
297 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.300274  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3270  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.6 
 
 
298 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.06 
 
 
292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0210  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  32.1 
 
 
284 aa  155  1e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.866351  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4729  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.79 
 
 
301 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2171  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.62 
 
 
301 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.97 
 
 
303 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8654  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  38.32 
 
 
295 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.33 
 
 
292 aa  154  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1979  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.09 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5958  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  31.83 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.564119  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2547  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.16 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0672659  normal  0.0978001 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5347  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  37.02 
 
 
305 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224641  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5436  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.02 
 
 
305 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.790109 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0245  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.4 
 
 
304 aa  152  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2301  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.27 
 
 
301 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2426  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.27 
 
 
301 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1523  putative dehydrogenase  38.06 
 
 
297 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.041306  normal  0.892116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5931  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.1 
 
 
296 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0924  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  31 
 
 
288 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2076  oxidoreductase  38.73 
 
 
315 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5726  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.68 
 
 
305 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1800  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  32.47 
 
 
288 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6206  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.08 
 
 
293 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.107985  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1712  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.84 
 
 
298 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.032164  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1704  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.32 
 
 
308 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2261  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.04 
 
 
301 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.35206  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1777  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.59 
 
 
295 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.99 
 
 
304 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  31.25 
 
 
289 aa  149  6e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.56 
 
 
299 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3293  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.54 
 
 
306 aa  149  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.88 
 
 
294 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.41 
 
 
299 aa  148  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3038  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.71 
 
 
295 aa  148  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3283  transmembrane 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase oxidoreductase protein  36.62 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4321  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.06 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161633 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.11 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>