60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2682 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  100 
 
 		 345 aa  699    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  56.27 
 
 		 393 aa  361  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  41.98 
 
 		 383 aa  235  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.92 
 
 		 421 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  38.87 
 
 		 412 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.81 
 
 		 415 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.34 
 
 		 424 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.32 
 
 		 408 aa  172  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  34.6 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.39 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.77 
 
 		 382 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  27.39 
 
 		 374 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.92 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  24.34 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.46 
 
 		 385 aa  72.8  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  27.38 
 
 		 386 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  27.31 
 
 		 377 aa  70.1  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.67 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.85 
 
 		 394 aa  67  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  26.21 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.57 
 
 		 519 aa  62.8  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 		 460 aa  62  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.68 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.28 
 
 		 430 aa  54.3  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  28.79 
 
 		 429 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.54 
 
 		 401 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.97 
 
 		 424 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.84 
 
 		 440 aa  50.4  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.2 
 
 		 435 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.2 
 
 		 435 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.2 
 
 		 437 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.2 
 
 		 437 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.2 
 
 		 435 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.92 
 
 		 423 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.66 
 
 		 450 aa  47.8  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  25.35 
 
 		 437 aa  46.2  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 		 446 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.96 
 
 		 446 aa  45.4  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  25.85 
 
 		 448 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  25.85 
 
 		 446 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 		 448 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 		 446 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 		 446 aa  45.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 		 446 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.76 
 
 		 424 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 		 446 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.28 
 
 		 432 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.55 
 
 		 415 aa  44.3  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.08 
 
 		 429 aa  44.3  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.66 
 
 		 450 aa  44.3  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  21.89 
 
 		 445 aa  44.3  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.06 
 
 		 364 aa  43.9  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.08 
 
 		 446 aa  44.3  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.06 
 
 		 421 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.85 
 
 		 410 aa  43.5  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  20.9 
 
 		 438 aa  43.5  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.14 
 
 		 422 aa  43.1  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.37 
 
 		 444 aa  43.1  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.49 
 
 		 428 aa  43.1  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000579977  hitchhiker  0.00170597 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>