298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Pro-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  96 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  95.59 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>