More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0084 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  100 
 
 
232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  100 
 
 
232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  100 
 
 
232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.7 
 
 
232 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  86.96 
 
 
232 aa  407  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  91.81 
 
 
232 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.66 
 
 
232 aa  397  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.79 
 
 
232 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.79 
 
 
232 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.79 
 
 
232 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.79 
 
 
232 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.79 
 
 
232 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  88.36 
 
 
232 aa  391  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  87.83 
 
 
232 aa  387  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  89.57 
 
 
232 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  59.31 
 
 
229 aa  278  4e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  60.61 
 
 
229 aa  274  9e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  59.74 
 
 
228 aa  267  8.999999999999999e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  56.52 
 
 
228 aa  259  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 
228 aa  258  7e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  58.01 
 
 
227 aa  248  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  57.58 
 
 
227 aa  248  6e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  56.96 
 
 
226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  57.02 
 
 
227 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  59.13 
 
 
228 aa  242  5e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 
228 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 
228 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.65 
 
 
228 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  55.9 
 
 
227 aa  234  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  59.65 
 
 
228 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  52.16 
 
 
249 aa  233  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  52.38 
 
 
238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  54.39 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  58.77 
 
 
228 aa  229  3e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  58.33 
 
 
228 aa  228  5e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  58.77 
 
 
228 aa  228  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  58.77 
 
 
228 aa  228  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  58.77 
 
 
228 aa  228  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 
230 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  48.67 
 
 
226 aa  220  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  48.67 
 
 
226 aa  219  3e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
228 aa  218  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  47.21 
 
 
228 aa  218  8.999999999999998e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 
235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  49.78 
 
 
231 aa  215  5e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  47.16 
 
 
242 aa  211  5.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  46.35 
 
 
232 aa  211  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  45.49 
 
 
229 aa  210  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 
230 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 
230 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  46.55 
 
 
246 aa  206  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  48.94 
 
 
247 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 
233 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.32 
 
 
229 aa  203  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
253 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
233 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 
231 aa  199  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 
235 aa  199  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 
235 aa  196  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 
237 aa  194  9e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 
236 aa  191  6e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  43.17 
 
 
235 aa  190  2e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  43.91 
 
 
235 aa  190  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.65 
 
 
234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.65 
 
 
234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  46.93 
 
 
225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  47.37 
 
 
225 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 
235 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 
245 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 
229 aa  186  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  43.29 
 
 
235 aa  186  4e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
225 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
225 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
225 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 
233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.95 
 
 
226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  43.17 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  43.04 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>