More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3392 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  100 
 
 
320 aa  644  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  49.36 
 
 
302 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 
309 aa  292  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  52.05 
 
 
316 aa  290  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  50.66 
 
 
309 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  51.13 
 
 
301 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  47.85 
 
 
304 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  50.53 
 
 
301 aa  277  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  47.33 
 
 
294 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  42.81 
 
 
303 aa  271  8e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  48.61 
 
 
327 aa  269  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  49.04 
 
 
307 aa  269  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  47.59 
 
 
321 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  49.17 
 
 
311 aa  266  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  45.45 
 
 
305 aa  265  9e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  44.05 
 
 
333 aa  262  5e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  42.43 
 
 
292 aa  261  8e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  41.39 
 
 
292 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  46.69 
 
 
313 aa  259  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  42.43 
 
 
292 aa  258  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  47.32 
 
 
291 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  44.48 
 
 
292 aa  256  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  41.72 
 
 
292 aa  256  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  47.22 
 
 
307 aa  255  9e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  46.85 
 
 
301 aa  255  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  44.06 
 
 
303 aa  254  1e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  50.81 
 
 
339 aa  253  2e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.24 
 
 
315 aa  253  3e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  44.04 
 
 
291 aa  249  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  41.64 
 
 
298 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  50 
 
 
312 aa  244  2e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  42.35 
 
 
301 aa  242  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  43.06 
 
 
298 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  44.88 
 
 
289 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  42.7 
 
 
298 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  43.96 
 
 
292 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.44311e-07  unclonable  1.16493e-08 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  42.91 
 
 
311 aa  236  5e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  45.85 
 
 
309 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  40.95 
 
 
307 aa  228  7e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  42.2 
 
 
306 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  41.2 
 
 
299 aa  221  1e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  41.4 
 
 
299 aa  221  2e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  38.68 
 
 
346 aa  192  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  38.21 
 
 
353 aa  192  9e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  1.0108e-06  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  41.35 
 
 
309 aa  184  1e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  37.23 
 
 
297 aa  179  6e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  37.21 
 
 
297 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  37.33 
 
 
303 aa  176  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  34.59 
 
 
325 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  36.3 
 
 
303 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  35.42 
 
 
315 aa  175  9e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  36.79 
 
 
309 aa  175  1e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  38.52 
 
 
293 aa  174  2e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  34.52 
 
 
313 aa  174  2e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  32.68 
 
 
344 aa  174  3e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  36.43 
 
 
299 aa  173  4e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  33.69 
 
 
301 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  29.32 
 
 
311 aa  169  5e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.56 
 
 
313 aa  169  6e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  31.71 
 
 
328 aa  169  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  6.88581e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  31.93 
 
 
304 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  31.91 
 
 
304 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  33.21 
 
 
341 aa  166  6e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  7.10757e-05  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  33.09 
 
 
326 aa  165  7e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  33.68 
 
 
324 aa  164  1e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  36.17 
 
 
325 aa  164  1e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.79 
 
 
304 aa  164  2e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  7.89185e-08 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 
301 aa  164  2e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2895  twin-arginine translocation pathway signal  35.94 
 
 
310 aa  164  2e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.89 
 
 
305 aa  164  2e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  31.53 
 
 
322 aa  163  4e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  31.02 
 
 
345 aa  163  4e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  31.53 
 
 
311 aa  163  4e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  31.82 
 
 
310 aa  162  5e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  35.91 
 
 
346 aa  162  6e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  31.91 
 
 
296 aa  162  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  35.54 
 
 
320 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.83 
 
 
304 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  35.95 
 
 
306 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  31.19 
 
 
322 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  32.48 
 
 
300 aa  160  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  29.13 
 
 
303 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  32.62 
 
 
316 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.87 
 
 
305 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.87 
 
 
305 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.49 
 
 
294 aa  159  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.87 
 
 
305 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.87 
 
 
305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  32.75 
 
 
305 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  32.66 
 
 
305 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  29.78 
 
 
371 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.87 
 
 
305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 
313 aa  157  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.53 
 
 
286 aa  157  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  6.51268e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0297  periplasmic solute binding protein  31.62 
 
 
316 aa  157  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0234277  normal  0.0497295 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.68 
 
 
320 aa  156  5e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  44.32 
 
 
494 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  28.99 
 
 
308 aa  153  3e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  2.1133e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  33.68 
 
 
314 aa  154  3e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  29.02 
 
 
321 aa  154  3e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>