More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3909 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  603  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  77.89 
 
 		 305 aa  474  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 309 aa  320  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 344 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0334  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 432 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 345 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 345 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 345 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 345 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 318 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  40.91 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  40.53 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.2 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  36.57 
 
 		 321 aa  192  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  191  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.54 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 314 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 345 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 307 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  34.59 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 317 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>