127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3567 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_2243  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  60.72 
 
 		 768 aa  782    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.446776  hitchhiker  0.00000657541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1365  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  51.77 
 
 		 744 aa  657    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00298227 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3567  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  100 
 
 		 746 aa  1456    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1362  hypothetical protein  36.07 
 
 		 720 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3131  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  32.18 
 
 		 738 aa  270  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861685  normal  0.88928 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2765  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  31.88 
 
 		 738 aa  261  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.617524 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3187  hypothetical protein  29.79 
 
 		 790 aa  256  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3032  hypothetical protein  29.29 
 
 		 770 aa  249  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0228594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2889  hypothetical protein  30.32 
 
 		 740 aa  233  7.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.777719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1096  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.78 
 
 		 763 aa  160  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0524683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4321  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  24.44 
 
 		 763 aa  159  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1096  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  24.37 
 
 		 763 aa  158  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2703  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.16 
 
 		 708 aa  156  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000297127  normal  0.375768 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2166  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25 
 
 		 719 aa  156  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0513514  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1772  hypothetical protein  24.83 
 
 		 758 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0697846  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1187  hypothetical protein  24.83 
 
 		 758 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.775183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0683  hypothetical protein  24.83 
 
 		 758 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0469  hypothetical protein  24.83 
 
 		 758 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.646757  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2853  hypothetical protein  24.68 
 
 		 758 aa  153  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229586  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1518  hypothetical protein  24.55 
 
 		 758 aa  152  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1387  hypothetical protein  24.55 
 
 		 758 aa  152  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1383  hypothetical protein  24.55 
 
 		 758 aa  151  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1186  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.11 
 
 		 764 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.310514  normal  0.518709 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2090  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.44 
 
 		 763 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1612  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  23.5 
 
 		 851 aa  149  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2840  AraE family aromatic acid exporter  23.8 
 
 		 883 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0733  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  24.11 
 
 		 764 aa  147  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.525617  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1213  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  24.11 
 
 		 764 aa  147  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0139359  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1750  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.61 
 
 		 806 aa  144  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0916755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2509  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  22.7 
 
 		 746 aa  135  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000184796  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4720  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  21.92 
 
 		 746 aa  123  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0171257  hitchhiker  0.00604484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05920  hypothetical protein  25.31 
 
 		 733 aa  119  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.435767 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2694  hypothetical protein  23.48 
 
 		 721 aa  114  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1670  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  22.38 
 
 		 730 aa  113  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0555  hypothetical protein  24.69 
 
 		 733 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2546  hypothetical protein  25 
 
 		 711 aa  111  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00487152  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2531  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  21.55 
 
 		 740 aa  110  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2855  hypothetical protein  23.91 
 
 		 711 aa  108  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0061473  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05690  Integral membrane protein, YccS/YhfK family  25.44 
 
 		 724 aa  107  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2135  inner membrane protein  31.16 
 
 		 734 aa  106  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0318465  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1351  hypothetical protein  21.32 
 
 		 721 aa  105  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1212  hypothetical protein  22.65 
 
 		 731 aa  105  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000149337  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1074  hypothetical protein  24.78 
 
 		 720 aa  104  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166924  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000321  membrane protein  24.18 
 
 		 717 aa  104  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5250  intergral membrane protein  25.22 
 
 		 727 aa  103  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1123  hypothetical protein  24.78 
 
 		 720 aa  103  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00725319  normal  0.391034 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06123  hypothetical protein  24.32 
 
 		 717 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1757  hypothetical protein  23.65 
 
 		 711 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00297692  hitchhiker  0.0000536927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2160  hypothetical protein  25.07 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328985  normal  0.533884 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2683  hypothetical protein  24.63 
 
 		 720 aa  102  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00493648  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1069  hypothetical protein  24.63 
 
 		 720 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000419542  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2636  hypothetical protein  24.63 
 
 		 720 aa  102  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0533993  hitchhiker  0.000000852874 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00964  predicted inner membrane protein  24.63 
 
 		 717 aa  102  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000463684  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00971  hypothetical protein  24.63 
 
 		 717 aa  102  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000599042  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2356  hypothetical protein  24.63 
 
 		 720 aa  102  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0100238  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1114  hypothetical protein  23.96 
 
 		 717 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109888  hitchhiker  0.00000043653 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1148  hypothetical protein  23.96 
 
 		 717 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1182  hypothetical protein  23.96 
 
 		 717 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1031  hypothetical membrane protein  23.96 
 
 		 717 aa  102  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000967259  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02961  hypothetical membrane protein  25.31 
 
 		 737 aa  101  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1136  hypothetical membrane protein  24.67 
 
 		 717 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.61616  normal  0.960871 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2627  hypothetical protein  24.77 
 
 		 712 aa  98.2  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0163181  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2538  inner membrane protein YccS  24.77 
 
 		 712 aa  97.4  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319105  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3202  hypothetical protein  24.77 
 
 		 712 aa  97.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000417121  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0514  intergral membrane protein, YccS:integral membrane protein, YccS/YhfK  24.22 
 
 		 732 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3693  integral membrane protein, YccS/YhfK family  26.79 
 
 		 725 aa  95.1  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.427108 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1472  integral membrane protein, YccS/YhfK family protein  22.08 
 
 		 733 aa  94  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.872698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5009  membrane protein, TIGR01666  23.78 
 
 		 732 aa  94  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0657  hypothetical protein  22.83 
 
 		 725 aa  93.2  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1472  hypothetical protein  23.39 
 
 		 720 aa  92  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000385386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2001  YccS/YhfK family integral membrane protein  26.01 
 
 		 756 aa  91.3  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0304152  hitchhiker  0.00152336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2375  integral membrane protein, YccS/YhfK family  27.08 
 
 		 727 aa  90.5  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2888  YccS/YhfK family integral membrane protein  27.52 
 
 		 727 aa  90.5  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0511  YccS/YhfK family integral membrane protein  23.96 
 
 		 727 aa  89.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.917341 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3247  integral membrane protein, YccS/YhfK  25.6 
 
 		 733 aa  88.2  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4827  YccS/YhfK family integral membrane protein  22.78 
 
 		 727 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4954  integral membrane protein, YccS/YhfK family  22.78 
 
 		 727 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5794  integral membrane protein, YccS/YhfK family  28.5 
 
 		 720 aa  86.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5003  YccS/YhfK family integral membrane protein  22.86 
 
 		 727 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.481214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1602  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  33.19 
 
 		 737 aa  84  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.517222  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0995  hypothetical protein  24.78 
 
 		 700 aa  73.9  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0874  YccS/YhfK family integral membrane protein  29.17 
 
 		 700 aa  73.2  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.866014  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0470  YccS/YhfK family integral membrane protein  23.98 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.393999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1095  hypothetical protein  32.14 
 
 		 696 aa  67.4  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.534792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3703  YccS/YhfK family integral membrane protein  33.99 
 
 		 706 aa  66.6  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3946  YccS/YhfK family integral membrane protein  33.33 
 
 		 706 aa  65.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4581  YccS/YhfK family integral membrane protein  26.8 
 
 		 696 aa  65.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0247  YccS/YhfK family integral membrane protein  33.33 
 
 		 706 aa  65.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0284  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  34.87 
 
 		 744 aa  65.1  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3048  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  27.91 
 
 		 740 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.532486 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2655  hypothetical protein  22.75 
 
 		 650 aa  57.8  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3785  YccS/YhfK family integral membrane protein  23.61 
 
 		 695 aa  57.8  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0235879  hitchhiker  0.00807604 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3738  integral membrane protein YccS/YhfK family  26.78 
 
 		 695 aa  57  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0105534 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3772  hypothetical protein  26.78 
 
 		 695 aa  57.4  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.503591 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3664  integral membrane protein, YccS/YhfK family  26.78 
 
 		 695 aa  57  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3664  integral membrane protein, YccS/YhfK family  26.78 
 
 		 695 aa  57.4  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.423889  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3835  YccS/YhfK family integral membrane protein  26.78 
 
 		 695 aa  57.4  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3629  membrane protein  30.84 
 
 		 647 aa  55.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0473  membrane protein-like protein  33.71 
 
 		 764 aa  53.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.695599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1282  hypothetical protein  24.25 
 
 		 632 aa  50.4  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>