62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2474 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2474  major capsid protein HK97  100 
 
 		 483 aa  981    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1719  HK97 family phage major capsid protein  35.55 
 
 		 429 aa  265  1e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7144  HK97 family phage major capsid protein  36.6 
 
 		 434 aa  250  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647338 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3666  major capsid protein HK97  39.51 
 
 		 337 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.017941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2852  phage major capsid protein, HK97 family  34.18 
 
 		 466 aa  169  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107077  normal  0.025439 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1985  phage major capsid protein, HK97  26.7 
 
 		 423 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2866  phage major capsid protein, HK97  25.98 
 
 		 437 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2848  phage major capsid protein, HK97  27.46 
 
 		 437 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1998  phage major capsid protein, HK97 family  26.86 
 
 		 438 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1305  hypothetical protein  28.27 
 
 		 436 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  27.16 
 
 		 420 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  22.88 
 
 		 386 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  26.17 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  23.56 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  24.71 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  28 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  24.31 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  25.94 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  22.39 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  22.64 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  27.38 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  25.26 
 
 		 403 aa  61.6  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  26.64 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  27.13 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  26.89 
 
 		 562 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  23.33 
 
 		 450 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  24.31 
 
 		 417 aa  55.1  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  23.99 
 
 		 405 aa  55.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  27.08 
 
 		 315 aa  54.3  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  23.75 
 
 		 382 aa  54.3  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  23.75 
 
 		 382 aa  54.3  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  22.22 
 
 		 386 aa  53.5  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  23.9 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  23.66 
 
 		 405 aa  53.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  22.53 
 
 		 389 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  24.55 
 
 		 385 aa  52  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  23.92 
 
 		 424 aa  51.6  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  24.55 
 
 		 385 aa  52  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  20.87 
 
 		 384 aa  50.8  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  24.58 
 
 		 390 aa  50.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  23.57 
 
 		 398 aa  50.4  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  23.55 
 
 		 385 aa  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  22.18 
 
 		 382 aa  48.9  0.0002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  24.01 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  22.59 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  23.35 
 
 		 383 aa  47.8  0.0005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  23.65 
 
 		 416 aa  47  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  22.99 
 
 		 411 aa  45.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  23.76 
 
 		 417 aa  45.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2169  major capsid protein HK97  27.51 
 
 		 320 aa  45.4  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  25.1 
 
 		 421 aa  44.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0369  peptidase U35 phage prohead HK97  26.27 
 
 		 624 aa  44.7  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  24.71 
 
 		 393 aa  44.3  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  23.13 
 
 		 388 aa  44.3  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  24.06 
 
 		 430 aa  44.3  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3943  HK97 family phage major capsid protein  26.97 
 
 		 400 aa  43.9  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  22.04 
 
 		 398 aa  43.9  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  22.04 
 
 		 387 aa  43.9  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0411  hypothetical protein  25.85 
 
 		 624 aa  43.5  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1150  hypothetical protein  25.85 
 
 		 624 aa  43.5  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1170  peptidase U35 phage prohead HK97  25.85 
 
 		 624 aa  43.5  0.009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  24.33 
 
 		 421 aa  43.1  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>