More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2475 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  77.65 
 
 		 444 aa  701    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  100 
 
 		 434 aa  889    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  80.05 
 
 		 427 aa  716    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  80.05 
 
 		 427 aa  713    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  62.35 
 
 		 429 aa  531  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  62.35 
 
 		 429 aa  531  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  62.12 
 
 		 429 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  62.12 
 
 		 429 aa  531  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  62.12 
 
 		 429 aa  531  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  62.12 
 
 		 429 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  62.12 
 
 		 429 aa  531  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  61.88 
 
 		 429 aa  528  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  61.65 
 
 		 429 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  61.41 
 
 		 429 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  61.88 
 
 		 429 aa  526  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  60.94 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  61.18 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  61.41 
 
 		 429 aa  524  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  61.79 
 
 		 429 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  58.99 
 
 		 436 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  59.53 
 
 		 435 aa  501  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  59.29 
 
 		 429 aa  498  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  59.29 
 
 		 429 aa  498  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  58.35 
 
 		 428 aa  494  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  58.59 
 
 		 429 aa  496  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  57.88 
 
 		 429 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  55.13 
 
 		 440 aa  485  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  58.12 
 
 		 431 aa  483  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  57.78 
 
 		 431 aa  477  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  56.18 
 
 		 425 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  55.58 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  55.94 
 
 		 427 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0030  sun protein  55.24 
 
 		 428 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  55.24 
 
 		 426 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  55.01 
 
 		 428 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  55.01 
 
 		 428 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  54.78 
 
 		 428 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  53.72 
 
 		 426 aa  450  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  53.72 
 
 		 427 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  54.65 
 
 		 429 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0022  sun protein  54.78 
 
 		 429 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0030  sun protein  54.55 
 
 		 428 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  54.19 
 
 		 429 aa  444  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  54.19 
 
 		 429 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0912026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  54.55 
 
 		 427 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  52.02 
 
 		 462 aa  428  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  51.5 
 
 		 437 aa  428  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  50.7 
 
 		 439 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  52.41 
 
 		 448 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  52.56 
 
 		 436 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000506957 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  48.38 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  51.97 
 
 		 434 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  51.86 
 
 		 436 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  52.56 
 
 		 436 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  52.33 
 
 		 436 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  51.63 
 
 		 436 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  0.000000136476 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  51.95 
 
 		 448 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  52.33 
 
 		 434 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  44.24 
 
 		 445 aa  371  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  51.44 
 
 		 443 aa  372  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  50.93 
 
 		 437 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  49.3 
 
 		 431 aa  364  1e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  48.87 
 
 		 403 aa  360  4e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  45.35 
 
 		 427 aa  358  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  48.03 
 
 		 451 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  45.12 
 
 		 427 aa  356  5e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  48.03 
 
 		 433 aa  355  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  42.18 
 
 		 462 aa  345  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0205  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  42.86 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2118  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  42.63 
 
 		 430 aa  343  4e-93  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.772275  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2869  sun protein  48.85 
 
 		 433 aa  342  7e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  49.77 
 
 		 437 aa  340  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.51 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  45.14 
 
 		 429 aa  333  5e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0197  sun protein  47.45 
 
 		 432 aa  329  6e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  43.51 
 
 		 442 aa  319  6e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  44 
 
 		 425 aa  318  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3583  sun protein  44.78 
 
 		 443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1927  Sun protein  42.89 
 
 		 429 aa  311  1e-83  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1863  sun protein  42.89 
 
 		 431 aa  311  1e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  43.87 
 
 		 419 aa  309  8e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04057  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  44.99 
 
 		 437 aa  309  8e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2083  sun protein  43.94 
 
 		 437 aa  308  1.0000000000000001e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0022  sun protein  43.74 
 
 		 431 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.242982 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0021  sun protein  43.74 
 
 		 434 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3243  sun protein  40.69 
 
 		 457 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3894  sun protein  40.69 
 
 		 457 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  43.19 
 
 		 435 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  37.47 
 
 		 457 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  40.86 
 
 		 470 aa  269  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  38.22 
 
 		 453 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  40.85 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  40.24 
 
 		 461 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  36.6 
 
 		 457 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  44.08 
 
 		 457 aa  264  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  45.32 
 
 		 457 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  39.51 
 
 		 463 aa  262  8e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  44.65 
 
 		 462 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0272  Sun protein  48.21 
 
 		 449 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.432064  decreased coverage  0.0030391 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  41.19 
 
 		 443 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>