242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2204 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
265 aa  518  1e-146  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  33.66 
 
 
304 aa  170  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  39.06 
 
 
274 aa  168  9e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.23403e-08  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  40.66 
 
 
243 aa  159  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  40.5 
 
 
284 aa  158  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  39.51 
 
 
252 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  38.61 
 
 
261 aa  153  3e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  38.25 
 
 
261 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  39.59 
 
 
252 aa  151  9e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  35.77 
 
 
249 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  37.45 
 
 
274 aa  147  2e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  38.33 
 
 
265 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  36.07 
 
 
249 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  35.25 
 
 
252 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  39.6 
 
 
268 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  32.26 
 
 
285 aa  142  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  36.71 
 
 
249 aa  141  1e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  35.92 
 
 
260 aa  140  2e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  37.81 
 
 
249 aa  138  8e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  37.81 
 
 
249 aa  138  8e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  37.81 
 
 
249 aa  138  8e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  37.81 
 
 
249 aa  138  8e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  37.81 
 
 
249 aa  138  8e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  37.81 
 
 
234 aa  138  8e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  37.81 
 
 
249 aa  138  8e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  35.52 
 
 
253 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  33.47 
 
 
249 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  33.47 
 
 
249 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  33.47 
 
 
249 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  33.47 
 
 
249 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  33.47 
 
 
249 aa  132  8e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  35.43 
 
 
253 aa  131  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  33.47 
 
 
249 aa  130  2e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  37.45 
 
 
261 aa  130  2e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  37.45 
 
 
261 aa  130  2e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  33.47 
 
 
249 aa  129  4e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  33.88 
 
 
259 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  33.61 
 
 
265 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  35.82 
 
 
265 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  34.55 
 
 
257 aa  121  1e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  31.87 
 
 
278 aa  119  4e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 
243 aa  118  1e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  33.06 
 
 
249 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  31.95 
 
 
263 aa  115  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  30.14 
 
 
271 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  29.3 
 
 
251 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  30.14 
 
 
271 aa  112  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  33.5 
 
 
243 aa  110  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  32.54 
 
 
263 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  35.12 
 
 
270 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  32.27 
 
 
245 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  31.39 
 
 
300 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  31.39 
 
 
305 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  32.49 
 
 
239 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2219  tetratricopeptide domain-containing protein  32.58 
 
 
252 aa  102  7e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85463  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  35.15 
 
 
248 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  30.2 
 
 
272 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  34.65 
 
 
272 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.06 
 
 
322 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  28.63 
 
 
322 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  33.65 
 
 
276 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  28.45 
 
 
268 aa  99.8  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  29.69 
 
 
254 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  32.66 
 
 
273 aa  99  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 
264 aa  99  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  32.88 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  34.25 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.01827e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  34.25 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.11459e-10  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  34.25 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.56054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  39.84 
 
 
377 aa  97.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 
271 aa  97.1  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.61801e-15  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  33.79 
 
 
249 aa  97.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  6.16267e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  34.25 
 
 
249 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.24758e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  30.87 
 
 
261 aa  97.4  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  33.51 
 
 
188 aa  96.3  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1942  tol-pal system protein YbgF  32.38 
 
 
283 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  32.02 
 
 
242 aa  94.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  34.24 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  31.28 
 
 
274 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  30.18 
 
 
242 aa  92.4  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  33.33 
 
 
250 aa  92.4  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.82291e-09  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  33.33 
 
 
250 aa  92.4  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.67584e-06  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  31.63 
 
 
254 aa  92  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.10917e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  32.88 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.04047e-08  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  30.33 
 
 
274 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 
240 aa  89.4  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  28.12 
 
 
262 aa  89  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  32.82 
 
 
264 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  27.57 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  3.02592e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  30.49 
 
 
321 aa  87.4  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  30.05 
 
 
258 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  30.96 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>