176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1931 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  100 
 
 
113 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  65.18 
 
 
113 aa  157  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.55 
 
 
113 aa  125  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
116 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
110 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.73 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
124 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.73 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.73 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.73 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.82 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 
120 aa  67.4  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  30.91 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.73 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
128 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
110 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.83 
 
 
117 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
110 aa  66.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.43 
 
 
125 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.09 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.09 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.82 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.82 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.04 
 
 
109 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.63 
 
 
110 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.73 
 
 
114 aa  62  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
110 aa  61.6  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  30.91 
 
 
112 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
136 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
113 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3905  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.65 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
115 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  28.32 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.83 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.57 
 
 
114 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.35 
 
 
121 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.91 
 
 
112 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.3 
 
 
114 aa  59.7  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  27.27 
 
 
145 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.55 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.63 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 
113 aa  58.9  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.82 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.09 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
119 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
117 aa  57  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
119 aa  57  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
128 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.1 
 
 
109 aa  57  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.2 
 
 
109 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
109 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.1 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.1 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
119 aa  57  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.7 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.73 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  27.1 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.91 
 
 
115 aa  55.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  24.55 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.81 
 
 
123 aa  55.5  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  28.07 
 
 
132 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.07 
 
 
114 aa  54.7  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
115 aa  54.3  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.25 
 
 
114 aa  54.3  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.07 
 
 
114 aa  53.9  0.0000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  29.41 
 
 
110 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
114 aa  53.9  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
123 aa  53.9  0.0000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.73 
 
 
113 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  27.03 
 
 
121 aa  53.9  0.0000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.12 
 
 
117 aa  52  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.32 
 
 
115 aa  52  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  26.55 
 
 
113 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 
135 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.03 
 
 
115 aa  51.6  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
138 aa  52  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.32 
 
 
114 aa  51.2  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>