More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1584 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 		 296 aa  510  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 297 aa  441  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 295 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 301 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 295 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 295 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 296 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 320 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  70.61 
 
 		 309 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 320 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  70.85 
 
 		 295 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 320 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.91 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  35.64 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.97 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.08 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.72 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.45 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 329 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 329 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 329 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>