More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0316 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0316  ABC transporter related protein  100 
 
 
244 aa  492  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.815133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4962  ABC transporter related  60 
 
 
328 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1276  ABC transporter related  56.38 
 
 
321 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1249  ABC transporter related  57.56 
 
 
253 aa  278  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.540719  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4639  ABC transporter related  55.92 
 
 
312 aa  271  5.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.493735  normal  0.263146 
 
 
-
 
NC_004310  BR0223  ABC transporter, ATP-binding protein  54.29 
 
 
312 aa  265  5.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0214  ABC transporter, ATP-binding protein  54.29 
 
 
312 aa  265  5.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0297  ABC transporter related  54.29 
 
 
312 aa  263  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5180  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATPase subunit  54.62 
 
 
392 aa  261  4.999999999999999e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.860702 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4537  ABC transporter related  54.29 
 
 
312 aa  258  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67365  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0351  ABC transporter related  54.66 
 
 
324 aa  257  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0304446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5061  ABC transporter related  53.88 
 
 
312 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2945  ABC transporter related  56.78 
 
 
354 aa  256  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00675888  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2530  ABC transporter related  55.37 
 
 
326 aa  255  4e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.484579  hitchhiker  0.00171141 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1518  ABC transporter related  55.74 
 
 
308 aa  255  5e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.961531  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0915  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  55.74 
 
 
308 aa  254  6e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.530478 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2264  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  55.74 
 
 
308 aa  254  7e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5204  ABC transporter related protein  54.47 
 
 
270 aa  254  9e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.213509  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1528  ABC transporter related protein  55.74 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.917455  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2418  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  55.74 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0844  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, ATP-binding protein  55.74 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02059  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  55.74 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2308  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  54.89 
 
 
315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02017  hypothetical protein  55.74 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2401  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  54.89 
 
 
315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.584641  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2509  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  54.89 
 
 
315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.280806  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3254  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, ATP-binding protein  55.32 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000625793 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2397  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  54.89 
 
 
315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2352  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  54.89 
 
 
315 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2728  ABC transporter related  54.89 
 
 
316 aa  252  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1175  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.9 
 
 
375 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0909  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  53.97 
 
 
335 aa  251  7e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0150426 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2380  ABC transporter, ATP-binding protein  53.88 
 
 
312 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.850605  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2354  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  50.4 
 
 
393 aa  250  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4151  ABC transporter related protein  52.1 
 
 
389 aa  250  1e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1688  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  52.32 
 
 
376 aa  249  2e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.315313  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1921  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.04 
 
 
382 aa  249  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1140  ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0408912  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1580  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2132  ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1974  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0920  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0239  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.46205  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1329  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  55.93 
 
 
312 aa  249  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.371543  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0297  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.63 
 
 
375 aa  248  4e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2784  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  55.93 
 
 
312 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2863  ABC transporter related  55.93 
 
 
312 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.466149  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00640  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  53.36 
 
 
386 aa  248  5e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.253633  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3511  ABC transporter related  53.06 
 
 
312 aa  248  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1993  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.06 
 
 
312 aa  248  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.780492  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5139  ABC transporter related  53.06 
 
 
317 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192374  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1856  ABC transporter related  54.24 
 
 
310 aa  248  9e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.500244  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18440  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  52.04 
 
 
377 aa  247  1e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00065366  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3224  ABC transporter related  53.06 
 
 
317 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3636  ABC transporter related protein  54.01 
 
 
288 aa  247  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.90014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5143  ABC transporter related  53.06 
 
 
317 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310364  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3565  ABC transporter related  55.91 
 
 
333 aa  247  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.230396 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3117  ABC transporter related  52.97 
 
 
312 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0287879  normal  0.0491103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1447  ABC transporter-related protein  55.51 
 
 
311 aa  246  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.908489  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2313  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  246  3e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.499344  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1154  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  51.25 
 
 
318 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0537  glycine betaine/L-proline transport, ATP-binding protein  48.52 
 
 
378 aa  246  3e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.418471  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2305  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  245  4e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.264442 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2125  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  245  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2063  glycine betaine ABC transporter, ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  245  4e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.832322  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2059  glycine betaine ABC transporter, ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  245  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2493  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  52.28 
 
 
388 aa  245  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.957361  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2279  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  245  4e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.987599  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0802  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  51.87 
 
 
398 aa  245  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6271  ABC transporter related  52.87 
 
 
360 aa  244  6e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1201  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.21 
 
 
370 aa  244  6e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0497  ABC proline/glycine betaine transporter, ATPase subunit  52.65 
 
 
312 aa  244  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.975936  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0172  ABC transporter related  54.62 
 
 
310 aa  245  6e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.319596 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0521  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein  48.52 
 
 
378 aa  244  6e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.691197  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2137  ABC transporter related  50.81 
 
 
312 aa  245  6e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.811751 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4756  ABC transporter related protein  51.46 
 
 
328 aa  244  9.999999999999999e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4888  ABC transporter related  53.39 
 
 
310 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359774  hitchhiker  0.00773492 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0186  ABC transporter related  50.21 
 
 
256 aa  243  9.999999999999999e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0868  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.42 
 
 
385 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0268  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  52.23 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4310  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.42 
 
 
385 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944105  normal  0.26992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0898  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.42 
 
 
385 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706016  normal  0.516388 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2262  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  49.17 
 
 
315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1815  ABC transporter related  56.2 
 
 
326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0121521 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1922  glycine betaine transport ATP-binding protein  52.23 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2475  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
408 aa  243  3e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00846223  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2523  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
408 aa  243  3e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0108992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2804  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.63 
 
 
379 aa  242  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000395219  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37600  ABC-type proline/glycine betaine transport system, ATPase component  53.36 
 
 
353 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7553  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  51.87 
 
 
391 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.588989 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2389  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  48.33 
 
 
315 aa  241  6e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.301455  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1593  choline transport ATP-binding protein opuBA  50.62 
 
 
382 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.108629 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1661  choline transport ATP-binding protein OpuBA  50.62 
 
 
382 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1848  choline transport ATP-binding protein opuBA  50.62 
 
 
382 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.607667  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1681  choline transport ATP-binding protein opuBA  50.62 
 
 
382 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.413883  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1602  choline transport ATP-binding protein opuBA  50.62 
 
 
382 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.844336  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0149  ABC transporter related  50.64 
 
 
314 aa  240  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0118  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.88 
 
 
378 aa  240  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.435278  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2992  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  51.04 
 
 
400 aa  240  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0912  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
385 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.195496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>