More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0939 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  100 
 
 		 302 aa  622  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  68.79 
 
 		 301 aa  431  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  61.26 
 
 		 302 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  60.4 
 
 		 303 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  62.79 
 
 		 303 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  62.46 
 
 		 303 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  61.79 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  61.79 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  61.07 
 
 		 303 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  61.07 
 
 		 303 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  60.4 
 
 		 303 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  59.4 
 
 		 304 aa  350  1e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  60.4 
 
 		 303 aa  341  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  45.82 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  48.31 
 
 		 308 aa  256  4e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  48.31 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  48.31 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  46.64 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  45.93 
 
 		 317 aa  249  4e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  45.85 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  45.12 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  46.62 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  45.48 
 
 		 305 aa  245  6e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  47.32 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  45.79 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  45.95 
 
 		 314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  45.95 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  45.95 
 
 		 314 aa  232  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  45.61 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  45.95 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  45.95 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  45.95 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  46.13 
 
 		 318 aa  231  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  45.61 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  45.61 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  45.45 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  45.61 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  45.61 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  45.61 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  45.61 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  42.35 
 
 		 319 aa  223  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  45.76 
 
 		 314 aa  221  8e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  42.23 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  43.77 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  43.05 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.2 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  38.94 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  41.75 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  39.87 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  41.41 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.07 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.07 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  45.27 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  39.46 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  43.14 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  38.72 
 
 		 340 aa  201  9.999999999999999e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40.74 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  38.33 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  34.64 
 
 		 345 aa  197  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  39.07 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  39.86 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  39.67 
 
 		 309 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  38.21 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  40.6 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  40 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  42.47 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  36.79 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  41.22 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  40.07 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  39.02 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  38.49 
 
 		 398 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  39.13 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  39.06 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  37.58 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  38.51 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.58 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.26 
 
 		 312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  38.14 
 
 		 403 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  38.51 
 
 		 309 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  37.46 
 
 		 403 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  37.12 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  36.58 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  39.19 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  39.19 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  36.67 
 
 		 308 aa  178  8e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  40 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  39.19 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  36.48 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  35.57 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  38.87 
 
 		 311 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  36.27 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  38.87 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  38.87 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  38.51 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  37.54 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  35.79 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0987  ribokinase  39.79 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.135221  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  39.25 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  37.16 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>