More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0157 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  48.75 
 
 		 1142 aa  768    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  44.61 
 
 		 1161 aa  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1166 aa  2291    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  36.76 
 
 		 1156 aa  565  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  38.08 
 
 		 1187 aa  522  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  37.04 
 
 		 1120 aa  521  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  38.24 
 
 		 1106 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.03 
 
 		 1185 aa  508  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.46 
 
 		 1156 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  34.39 
 
 		 1125 aa  503  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  36.86 
 
 		 1119 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  35.14 
 
 		 1121 aa  503  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.9 
 
 		 1124 aa  502  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  34.8 
 
 		 1180 aa  490  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  34.09 
 
 		 1159 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.19 
 
 		 1177 aa  490  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  35.44 
 
 		 1189 aa  491  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  35.12 
 
 		 1180 aa  489  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  35.04 
 
 		 1161 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  34.51 
 
 		 1164 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  34.58 
 
 		 1180 aa  485  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.54 
 
 		 1106 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  34.46 
 
 		 1161 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.58 
 
 		 1183 aa  480  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  36.02 
 
 		 1157 aa  483  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  29.42 
 
 		 1155 aa  474  1e-132  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  34.72 
 
 		 1151 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  34.11 
 
 		 1183 aa  466  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  34.12 
 
 		 1182 aa  464  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  33.45 
 
 		 1183 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  34.49 
 
 		 1162 aa  453  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  34.23 
 
 		 1164 aa  449  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  33.77 
 
 		 1202 aa  439  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  36.4 
 
 		 1165 aa  423  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  28.31 
 
 		 1089 aa  416  9.999999999999999e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  36.4 
 
 		 1147 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  36.04 
 
 		 1167 aa  410  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  35.79 
 
 		 1157 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  35.55 
 
 		 1147 aa  399  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  35.42 
 
 		 1147 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  36.38 
 
 		 1157 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  35.71 
 
 		 1157 aa  368  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 854 aa  344  5e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.4 
 
 		 860 aa  343  9e-93  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.41 
 
 		 1147 aa  317  9e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.42 
 
 		 1173 aa  214  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 1173 aa  214  9e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  29.52 
 
 		 1177 aa  213  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.17 
 
 		 907 aa  212  4e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.22 
 
 		 1089 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24 
 
 		 1173 aa  185  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28 
 
 		 1197 aa  184  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  28.58 
 
 		 1187 aa  184  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  25.25 
 
 		 1185 aa  176  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  27.42 
 
 		 1080 aa  172  4e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 		 1168 aa  171  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 1117 aa  163  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  26.7 
 
 		 1165 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 1140 aa  147  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  27.28 
 
 		 1095 aa  147  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.59 
 
 		 1230 aa  140  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  22.94 
 
 		 1074 aa  139  2e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 		 1115 aa  140  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  24.11 
 
 		 1236 aa  137  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.63 
 
 		 1244 aa  137  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.56 
 
 		 1121 aa  134  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.97 
 
 		 1186 aa  133  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.24 
 
 		 1230 aa  132  3e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  24.73 
 
 		 1061 aa  130  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  25.4 
 
 		 1057 aa  129  3e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  23.38 
 
 		 1242 aa  126  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.81 
 
 		 1241 aa  126  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.64 
 
 		 1282 aa  125  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.68 
 
 		 1241 aa  125  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.62 
 
 		 1240 aa  124  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 		 1149 aa  124  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.68 
 
 		 1241 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.73 
 
 		 1241 aa  122  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 1131 aa  122  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.7 
 
 		 1241 aa  122  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.73 
 
 		 1241 aa  121  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.8 
 
 		 1241 aa  121  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.8 
 
 		 1241 aa  121  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  30.57 
 
 		 1184 aa  120  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.75 
 
 		 1118 aa  120  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 		 1101 aa  120  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 1101 aa  120  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.2 
 
 		 1087 aa  119  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.6 
 
 		 1241 aa  118  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.29 
 
 		 1200 aa  116  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  29.25 
 
 		 1047 aa  116  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25 
 
 		 1392 aa  115  5e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.8 
 
 		 1242 aa  115  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.24 
 
 		 1204 aa  114  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  25.75 
 
 		 1244 aa  114  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.83 
 
 		 1392 aa  112  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  22.86 
 
 		 1204 aa  112  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  27.71 
 
 		 1107 aa  110  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.48 
 
 		 1217 aa  106  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  24.52 
 
 		 1273 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>