More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1729 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1729  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
150 aa  310  5e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  4.4906e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1007  ribosomal protein L13  57.45 
 
 
144 aa  172  1e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  1.49943e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  161  2e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.05698e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  52.52 
 
 
143 aa  161  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  51.06 
 
 
144 aa  161  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
142 aa  160  7e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  6.79553e-07  normal  0.257999 
 
 
 
NC_012034  Athe_2070  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 
142 aa  158  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  7.21803e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3349  50S ribosomal protein L13  55 
 
 
142 aa  158  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.084598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0912  50S ribosomal protein L13  55 
 
 
142 aa  159  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.82809e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1032  50S ribosomal protein L13  55 
 
 
163 aa  157  3e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.108398  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  53.9 
 
 
142 aa  157  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  156  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  156  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0461  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 
142 aa  155  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  7.97457e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  155  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 
149 aa  156  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.00491e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0229  50S ribosomal protein L13  53.96 
 
 
143 aa  155  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  3.56517e-13  normal  0.82089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
142 aa  155  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  1.37696e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 
149 aa  156  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  51.77 
 
 
142 aa  155  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  1.31451e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3086  50S ribosomal protein L13  53.57 
 
 
142 aa  155  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  4.35691e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2607  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
144 aa  154  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0161967  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0745  ribosomal protein L13  53.62 
 
 
146 aa  154  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2727  ribosomal protein L13  54.68 
 
 
145 aa  153  6e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  7.34549e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  51.43 
 
 
142 aa  153  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  51.43 
 
 
142 aa  153  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0005  ribosomal protein L13  52.14 
 
 
147 aa  152  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.903919  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  51.43 
 
 
142 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  51.43 
 
 
142 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  49.65 
 
 
142 aa  153  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  51.43 
 
 
142 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
142 aa  153  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.23224e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  51.43 
 
 
142 aa  152  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
142 aa  152  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  2.67326e-11  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1062  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 
144 aa  151  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  3.9802e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 
142 aa  152  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  53.57 
 
 
142 aa  152  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  51.06 
 
 
142 aa  151  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  51.77 
 
 
143 aa  152  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.18039e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  151  3e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2250  50S ribosomal protein L13  50.71 
 
 
158 aa  151  3e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  151  3e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.33795e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 
144 aa  150  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 
144 aa  150  5e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3996  50S ribosomal protein L13  48.94 
 
 
146 aa  150  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000540909 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0606  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
143 aa  150  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.43755e-16  hitchhiker  0.00414003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0138  50S ribosomal protein L13  51.88 
 
 
145 aa  150  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.68177e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2876  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 
143 aa  150  6e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  2.82289e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1014  50S ribosomal protein L13  52.14 
 
 
142 aa  150  6e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00728449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  150  6e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  7e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  7.51399e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  150  7e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0143  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.75046e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0138  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.36726e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0165  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.03793e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0143  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  1.45264e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0175  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  5.80183e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0156  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.54845e-34 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0143  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  150  8e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  1.63354e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0136  50S ribosomal protein L13  51.88 
 
 
145 aa  149  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  9.86136e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2015  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 
150 aa  149  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624053  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  149  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0453  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 
148 aa  149  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0286772  normal  0.569665 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 
145 aa  148  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  5.14694e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0140  50S ribosomal protein L13  54.14 
 
 
145 aa  149  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 
142 aa  148  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  147  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  148  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.52627e-09  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  51.77 
 
 
142 aa  147  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.54571e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0015  ribosomal protein L13  56.3 
 
 
144 aa  147  4e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5161  50S ribosomal protein L13  51.13 
 
 
145 aa  147  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  7.49627e-09  hitchhiker  1.137e-08 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  48.89 
 
 
144 aa  147  5e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  1.60952e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1164  50S ribosomal protein L13  51.82 
 
 
153 aa  147  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529766  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  49.63 
 
 
142 aa  147  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  5.0014e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2044  ribosomal protein L13  49.65 
 
 
142 aa  147  6e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  5.10712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1783  50S ribosomal protein L13  50 
 
 
145 aa  147  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.18025e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  147  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  50.71 
 
 
145 aa  146  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  1.19852e-10  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.8374e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.42951e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.36634e-07  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  2.44686e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.00436e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  6.30317e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  4.82392e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  3.11613e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0649  50S ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  146  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.71181e-17  normal  0.0947726 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  7.56717e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  3.2614e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.95186e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4943  50S ribosomal protein L13  46.38 
 
 
144 aa  146  1e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 
142 aa  146  1e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  1.51129e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0794  50S ribosomal protein L13  51.85 
 
 
144 aa  145  1e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  3.46357e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  49.65 
 
 
142 aa  145  1e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.18525e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 
142 aa  146  1e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.72076e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  49.65 
 
 
142 aa  145  1e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4612  50S ribosomal protein L13  50 
 
 
153 aa  145  1e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0118736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0862  50S ribosomal protein L13  52.38 
 
 
154 aa  146  1e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.161716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>