More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4550 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  99.33 
 
 		 301 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  73.33 
 
 		 301 aa  454  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  49.83 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  51.15 
 
 		 323 aa  272  6e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  48.36 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  44.85 
 
 		 307 aa  254  9e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 316 aa  240  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  43.38 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  39.32 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.32 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  39.32 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.32 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.32 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 341 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.29 
 
 		 331 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 319 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  29.68 
 
 		 318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  31.19 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.2 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.59 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  29.59 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  27.08 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>