More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3929 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 263 aa  551  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  77.53 
 
 		 267 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  77.15 
 
 		 267 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  75 
 
 		 264 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  76.52 
 
 		 267 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  72.66 
 
 		 267 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  63.95 
 
 		 319 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  74.81 
 
 		 266 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  72.52 
 
 		 262 aa  397  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  70.34 
 
 		 263 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  62.88 
 
 		 260 aa  353  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  62.12 
 
 		 260 aa  351  5.9999999999999994e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  349  3e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  62.07 
 
 		 257 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  62.07 
 
 		 257 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  62.45 
 
 		 257 aa  347  8e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  62.45 
 
 		 256 aa  346  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  61.3 
 
 		 256 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  62.5 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  61.3 
 
 		 257 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  61.3 
 
 		 257 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  61.3 
 
 		 257 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  62.12 
 
 		 258 aa  333  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  59.47 
 
 		 260 aa  333  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.6 
 
 		 259 aa  332  4e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  60 
 
 		 261 aa  328  7e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  58.08 
 
 		 259 aa  322  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  57.79 
 
 		 259 aa  322  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  60.31 
 
 		 261 aa  322  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  60.31 
 
 		 261 aa  322  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  58.3 
 
 		 259 aa  322  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.69 
 
 		 257 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  77.16 
 
 		 349 aa  318  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  56.7 
 
 		 259 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  54.37 
 
 		 259 aa  301  6.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  52.85 
 
 		 257 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  52.67 
 
 		 257 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  53.85 
 
 		 261 aa  281  8.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  50.56 
 
 		 260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  50.56 
 
 		 260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  44.12 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  48.08 
 
 		 256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  44.4 
 
 		 265 aa  241  6e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  45.8 
 
 		 259 aa  241  9e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  46.67 
 
 		 266 aa  241  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  45.42 
 
 		 259 aa  238  6.999999999999999e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  44.53 
 
 		 267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  45.39 
 
 		 266 aa  231  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  43.49 
 
 		 265 aa  231  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  44.81 
 
 		 266 aa  226  4e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.44 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  43.12 
 
 		 267 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  40.67 
 
 		 264 aa  216  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.04 
 
 		 267 aa  212  5.999999999999999e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  43.24 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 254 aa  209  4e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  42.22 
 
 		 272 aa  203  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  42.59 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  37.64 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  37.64 
 
 		 259 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  37.26 
 
 		 259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  41.15 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  37.26 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  38.4 
 
 		 259 aa  196  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  38.7 
 
 		 258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  37.64 
 
 		 259 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  37.64 
 
 		 259 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  37.64 
 
 		 259 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  37.26 
 
 		 259 aa  195  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  40.59 
 
 		 277 aa  195  6e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  39.44 
 
 		 251 aa  195  6e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  41.54 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.7 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  37.26 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  37.26 
 
 		 259 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  41.6 
 
 		 254 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4873  exodeoxyribonuclease III Xth  39.19 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0668549  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0258  exonuclease III  39.79 
 
 		 286 aa  189  4e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209471  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1767  exodeoxyribonuclease III Xth  38.99 
 
 		 278 aa  189  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  38.37 
 
 		 255 aa  188  5.999999999999999e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1556  exodeoxyribonuclease III Xth  41.3 
 
 		 270 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0939703 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27900  exodeoxyribonuclease III Xth  39.93 
 
 		 266 aa  187  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408548  normal  0.79978 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21350  exodeoxyribonuclease III Xth  40.65 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  39.3 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0490  putative exodeoxyribonuclease III  40 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.114528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1211  exodeoxyribonuclease III (xth)  39.26 
 
 		 263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.136043  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1228  exodeoxyribonuclease III Xth  39.26 
 
 		 263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3979  exodeoxyribonuclease III Xth  36.06 
 
 		 273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.573727 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1238  exodeoxyribonuclease III Xth  39.26 
 
 		 263 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.15014 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04750  exodeoxyribonuclease III  36.53 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.989341  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  38.67 
 
 		 250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  37.12 
 
 		 255 aa  182  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  35.8 
 
 		 255 aa  181  8.000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  36.02 
 
 		 249 aa  181  8.000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>