More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5292 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 259 aa  533  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 259 aa  533  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 259 aa  533  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  98.84 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  95.75 
 
 		 259 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  94.21 
 
 		 259 aa  510  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  94.21 
 
 		 259 aa  510  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  87.64 
 
 		 259 aa  483  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  86.87 
 
 		 259 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  86.49 
 
 		 259 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  86.87 
 
 		 259 aa  474  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  48.82 
 
 		 261 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  46.3 
 
 		 257 aa  256  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  46.88 
 
 		 258 aa  255  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  48.26 
 
 		 255 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  43.7 
 
 		 259 aa  238  8e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  42.53 
 
 		 260 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  42.53 
 
 		 260 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  43.31 
 
 		 259 aa  234  7e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  42.58 
 
 		 257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0547  exodeoxyribonuclease III Xth  40.3 
 
 		 268 aa  232  4.0000000000000004e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3671  histidine kinase  45.1 
 
 		 261 aa  228  6e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.148225 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42.08 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  40.31 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  41.35 
 
 		 266 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  40.78 
 
 		 256 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  40.39 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  38.82 
 
 		 257 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.57 
 
 		 257 aa  214  8e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  39.84 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  39.22 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  39.22 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  41.31 
 
 		 260 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  38.43 
 
 		 257 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  38.43 
 
 		 257 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  38.43 
 
 		 257 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  41.34 
 
 		 256 aa  209  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  39.77 
 
 		 266 aa  209  4e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  38.76 
 
 		 259 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  38.7 
 
 		 259 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  38.34 
 
 		 259 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  41.41 
 
 		 259 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  38.76 
 
 		 261 aa  203  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  38.04 
 
 		 261 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  38.04 
 
 		 261 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  35.8 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  37.07 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 260 aa  199  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  37.64 
 
 		 263 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  35.02 
 
 		 258 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  38.55 
 
 		 265 aa  191  7e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  40.38 
 
 		 267 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  37.26 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 		 267 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  34.85 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  34.85 
 
 		 266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  36.9 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  37.15 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  35.71 
 
 		 254 aa  178  5.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  34.19 
 
 		 267 aa  174  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  36.09 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  33.7 
 
 		 267 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  36.64 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  34.08 
 
 		 267 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  38.49 
 
 		 267 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  34.92 
 
 		 254 aa  172  5e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  34.72 
 
 		 264 aa  171  9e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.72 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 265 aa  168  9e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  36.94 
 
 		 272 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  33.2 
 
 		 256 aa  166  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  33.73 
 
 		 254 aa  165  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  33.73 
 
 		 256 aa  161  8.000000000000001e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  33.73 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  30.19 
 
 		 319 aa  160  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  37.04 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.81 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  35.2 
 
 		 254 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  32.56 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  33.73 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  31.5 
 
 		 249 aa  149  4e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  30.43 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  31.73 
 
 		 249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  30.71 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  29.55 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  29.72 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.361272  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3496  exodeoxyribonuclease III  32.14 
 
 		 252 aa  142  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181471  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1460  exodeoxyribonuclease III  31.47 
 
 		 252 aa  141  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000456655 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  32.14 
 
 		 252 aa  141  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  32.14 
 
 		 252 aa  141  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  32.14 
 
 		 252 aa  141  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  31.75 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2558  exodeoxyribonuclease III  30.56 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>