More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0416 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0416  ABC transporter related  100 
 
 
317 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0177  ABC transporter related  84.95 
 
 
317 aa  514  1e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0176  ABC transporter related  79.34 
 
 
333 aa  508  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102512  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0174  ABC transporter, ATPase subunit  79.52 
 
 
332 aa  501  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.645822 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0656  ABC transporter related  83.49 
 
 
314 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.30871 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0050  ABC transporter related  82.7 
 
 
316 aa  492  1e-138  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0122  putative ABC transporter ATP-binding protein  75.89 
 
 
336 aa  474  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.069577  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1145  ABC transporter related  76.4 
 
 
282 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0734842  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5470  ABC transporter related  77.82 
 
 
283 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.279643  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0065  ABC transporter related  76.79 
 
 
310 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.127578  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2183  ABC transporter related  78.66 
 
 
282 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0392022  normal  0.686559 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2500  ABC transporter related  76.57 
 
 
289 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0376779  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2428  ABC transporter related  76.99 
 
 
289 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.047746  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0169  ABC transporter related  70.27 
 
 
279 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2723  ABC transporter related  76.57 
 
 
290 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.569692  normal  0.148561 
 
 
-
 
NC_004310  BR0157  ABC transporter, ATP-binding protein  74.06 
 
 
277 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0152  ABC transporter, ATP-binding protein  74.06 
 
 
254 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0336404  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0405  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  71.67 
 
 
268 aa  362  3e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0568  ABC transporter related  73.14 
 
 
311 aa  360  2e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3668  ABC transporter related  73.64 
 
 
261 aa  358  7e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0047  ABC transporter related  67.05 
 
 
258 aa  356  3e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.132774 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0063  ABC transporter related  66.67 
 
 
258 aa  355  8e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0158  ABC transporter related  66.04 
 
 
321 aa  353  2e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.44909 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0016  ABC transporter related  71.67 
 
 
270 aa  353  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00016595 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0193  ABC transporter related  74.68 
 
 
267 aa  352  6e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.572314  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1368  ABC transporter, ATP-binding protein  71.31 
 
 
264 aa  351  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.569741  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0337  ABC transporter related  70.68 
 
 
263 aa  345  8e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0323374  normal  0.155837 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0011  ABC transporter component  63.03 
 
 
288 aa  328  8e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1673  ABC transporter related  67.51 
 
 
264 aa  323  3e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4957  ABC transporter related  62.81 
 
 
256 aa  322  7e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0106  ABC transporter related  66.24 
 
 
253 aa  320  2e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.995719 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0296  ABC transporter related  64.02 
 
 
267 aa  310  2e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4486  ABC transporter related  61.33 
 
 
268 aa  306  3e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2906  ABC transporter related  60.7 
 
 
258 aa  305  5e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20972  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3000  ABC transporter related  64.56 
 
 
271 aa  305  9e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148105 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4226  ABC transporter-related protein  59.4 
 
 
268 aa  303  2e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.219808 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0024  ABC transporter related  62.45 
 
 
252 aa  303  3e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00950535  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0225  ABC transporter related  61.18 
 
 
249 aa  301  9e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0085  ABC transporter related  57.52 
 
 
268 aa  300  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.329192  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0149  putative ATP-binding ABC transporter protein  59.14 
 
 
251 aa  298  7e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0465  ABC transporter related  59.51 
 
 
264 aa  297  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1616  ABC transporter related  59.14 
 
 
255 aa  297  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3585  ATPase  62.03 
 
 
254 aa  296  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3709  ABC transporter related  60.66 
 
 
265 aa  296  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.320955  normal  0.158224 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0251  ATPase  58.75 
 
 
244 aa  296  3e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1911  ABC transporter related  60.74 
 
 
255 aa  295  5e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03663  hypothetical protein  58.82 
 
 
241 aa  294  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2605  ABC transporter related  61.18 
 
 
244 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.675994 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2771  ABC transporter related  61.6 
 
 
253 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0418  ABC transporter-related protein  60.33 
 
 
263 aa  293  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.757416  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0673  ABC transporter related  61.09 
 
 
262 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125229  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1156  ABC transporter, ATPase subunit  61.18 
 
 
253 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0264  ABC transporter related  56.47 
 
 
262 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002404  lipopolysaccharide ABC transporter ATP-binding protein LptB  58.82 
 
 
241 aa  293  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.052444  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0534  ATPase component ABC-type transport system  59.07 
 
 
240 aa  293  3e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.32942  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0291  ABC transporter related  56.47 
 
 
262 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.342823  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2817  ABC transporter related  61.18 
 
 
253 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0304  ABC transporter-related protein  58.69 
 
 
263 aa  292  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2108  ABC transporter, ATP-binding protein  57.5 
 
 
241 aa  292  6e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03192  ABC-type transport system ATPase component  57.14 
 
 
241 aa  291  9e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0777  ABC transporter related  58.44 
 
 
264 aa  291  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0867  hypothetical protein  59.83 
 
 
241 aa  291  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0898  hypothetical protein  59.83 
 
 
241 aa  291  1e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0409  ABC transporter ATP-binding protein  59.09 
 
 
262 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0648772 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4121  ABC transporter, ATPase subunit  58.85 
 
 
261 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2117  ABC transporter related  57.38 
 
 
244 aa  289  4e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0567  ABC transporter related  58.82 
 
 
241 aa  288  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2546  ABC transporter related  58.23 
 
 
244 aa  288  8e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.651086  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0487  ABC transporter, ATP-binding protein  58.44 
 
 
258 aa  288  9e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.635199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2850  ABC transporter related  58.85 
 
 
258 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0327  ABC transporter related  56.76 
 
 
260 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.945249  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0752  ABC transporter related protein  60.25 
 
 
247 aa  287  1e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.306795  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0356  ABC transporter related  54.72 
 
 
266 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2708  ABC transporter related  58.85 
 
 
258 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0148157 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0597  ABC transporter related  58.02 
 
 
261 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0435549 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2125  ABC transporter related  60.92 
 
 
241 aa  287  2e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0871  ABC transporter related  58.16 
 
 
241 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818606  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2167  ABC transporter related  58.65 
 
 
247 aa  286  4e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0075  ABC transporter, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2943  ABC transporter, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0582  ABC transporter, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0598  ABC transporter, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3107  ABC transporter, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0766  ABC transporter system, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.857207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1515  ABC transporter, ATP-binding protein  58.02 
 
 
258 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2272  ABC transporter related  55.7 
 
 
244 aa  285  6e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.638981  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0141  ABC transporter related  56.96 
 
 
240 aa  285  7e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.911941  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2176  ABC transporter related  58.02 
 
 
258 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0288  ATPase  57.38 
 
 
244 aa  285  8e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.017076 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02228  ABC transporter ATP-binding protein  59.83 
 
 
239 aa  284  1e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3178  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.38 
 
 
241 aa  285  1e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6120  ABC transporter, ATPase subunit  58.02 
 
 
258 aa  284  1e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1937  ABC transporter related  56.54 
 
 
244 aa  284  1e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2790  ABC transporter related  57.61 
 
 
258 aa  283  2e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.015078  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4542  ABC transporter, ATP-binding protein  57.56 
 
 
246 aa  283  2e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.979233  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0577  ABC transporter related  57.61 
 
 
256 aa  284  2e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3376  ABC transporter related  57.56 
 
 
243 aa  283  2e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.681925  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0525  ABC transporter related  58.02 
 
 
258 aa  284  2e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2801  ABC transporter related  57.61 
 
 
258 aa  283  2e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.312589 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57930  putative ATP-binding component of ABC transporter  57.98 
 
 
241 aa  283  3e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>