263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0064 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0064  hypothetical protein  100 
 
 
278 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0125  hypothetical protein  96.88 
 
 
256 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84591  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0355  hypothetical protein  84.95 
 
 
279 aa  468  1e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0579  protein of unknown function DUF45  93.52 
 
 
249 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.452313  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0131  hypothetical protein  80.29 
 
 
278 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0228  hypothetical protein  78.49 
 
 
278 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7655  putative metal-dependent hydrolase  82.32 
 
 
198 aa  335  6e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1260  hypothetical protein  50.6 
 
 
256 aa  244  2e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.017504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0604  protein of unknown function DUF45  50.82 
 
 
241 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.068795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0303  hypothetical protein  55.2 
 
 
266 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0593  hypothetical protein  50.82 
 
 
260 aa  238  9e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0332404  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0568  protein of unknown function DUF45  51.64 
 
 
241 aa  238  9e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.237402 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3493  hypothetical protein  50.83 
 
 
244 aa  234  8e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.718444  normal  0.055231 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0324  protein of unknown function DUF45  49.02 
 
 
263 aa  233  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00482569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4887  hypothetical protein  48.97 
 
 
243 aa  222  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.334239  normal  0.0174826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1837  protein of unknown function DUF45  48.36 
 
 
247 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3952  protein of unknown function DUF45  41.53 
 
 
252 aa  197  2e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4279  protein of unknown function DUF45  41.1 
 
 
252 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0018  hypothetical protein  41.95 
 
 
254 aa  196  4e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2113  hypothetical protein  43.38 
 
 
253 aa  189  3e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2029  hypothetical protein  43.38 
 
 
255 aa  189  3e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.611915  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0668  hypothetical protein  42.67 
 
 
251 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3354  hypothetical protein  45.13 
 
 
265 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0807  hypothetical protein  42.01 
 
 
253 aa  178  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3235  hypothetical protein  41.04 
 
 
251 aa  178  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0010  hypothetical protein  43.23 
 
 
270 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.96967e-07 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0982  zinc metallopeptidase-like protein  40.6 
 
 
228 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2642  hypothetical protein  40.17 
 
 
228 aa  164  1e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2986  conserved hypothetical protein DUF45  44.05 
 
 
230 aa  163  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1339  hypothetical protein  38.86 
 
 
243 aa  162  8e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3676  hypothetical protein  40.74 
 
 
227 aa  152  6e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0839  hypothetical protein  38.29 
 
 
237 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0094  hypothetical protein  41.88 
 
 
228 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0508  hypothetical protein  40.44 
 
 
233 aa  145  7e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1800  protein of unknown function DUF45  41.26 
 
 
240 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.322708  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0430  hypothetical protein  36.63 
 
 
241 aa  132  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2744  hypothetical protein  29.83 
 
 
252 aa  128  1e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2977  hypothetical protein  35.84 
 
 
227 aa  122  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0331949 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2818  hypothetical protein  35.1 
 
 
240 aa  118  1e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.608131  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0100  protein of unknown function DUF45  32.34 
 
 
241 aa  117  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4654  hypothetical protein  34.8 
 
 
239 aa  115  7e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791009  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1789  hypothetical protein  30.4 
 
 
238 aa  115  8e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1480  hypothetical protein  34.22 
 
 
268 aa  113  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0413  hypothetical protein  30.24 
 
 
249 aa  110  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2855  hypothetical protein  32.41 
 
 
252 aa  108  9e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0151  hypothetical protein  29.75 
 
 
240 aa  107  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0504  hypothetical protein  33.18 
 
 
286 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.22693  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1763  protein of unknown function DUF45  28.45 
 
 
246 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0036  protein of unknown function DUF45  27.7 
 
 
262 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0373  protein of unknown function DUF45  25.81 
 
 
242 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0071  protein of unknown function DUF45  28.97 
 
 
223 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1181  protein of unknown function DUF45  33.67 
 
 
242 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0542  hypothetical protein  28.4 
 
 
243 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0443  hypothetical protein  30.59 
 
 
292 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.618297 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2107  hypothetical protein  33.66 
 
 
240 aa  103  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4016  hypothetical protein  30 
 
 
300 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00585617  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0683  protein of unknown function DUF45  30 
 
 
300 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.436167  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0641  hypothetical protein  38.36 
 
 
236 aa  102  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2307  protein of unknown function DUF45  27.6 
 
 
244 aa  102  9e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1824  hypothetical protein  29.15 
 
 
224 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1951  hypothetical protein  27.35 
 
 
481 aa  101  1e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0220  hypothetical protein  31.8 
 
 
240 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2959  protein of unknown function DUF45  28.84 
 
 
227 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4297  hypothetical protein  25.94 
 
 
251 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0402  hypothetical protein  30.04 
 
 
285 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.450593  normal  0.256851 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0521  hypothetical protein  29.95 
 
 
288 aa  99.8  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0129218 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3143  protein of unknown function DUF45  28.37 
 
 
227 aa  99.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0570436  normal  0.976092 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2255  zinc metalloprotease  30.36 
 
 
227 aa  99  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0412  protein of unknown function DUF45  29.68 
 
 
292 aa  99  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505198  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0397  protein of unknown function DUF45  29.68 
 
 
292 aa  99  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119001  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1707  hypothetical protein  27.04 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182955  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0402  hypothetical protein  31.47 
 
 
245 aa  98.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.95027  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3789  hypothetical protein  31.84 
 
 
235 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_159  hypothetical protein  30.1 
 
 
240 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.363835  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0547  hypothetical protein  29.03 
 
 
218 aa  97.4  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.825313  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0060  protein of unknown function DUF45  29.84 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04470  predicted metal-dependent hydrolase  26.47 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3538  hypothetical protein  30.43 
 
 
239 aa  96.7  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.739224  normal  0.0386409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2393  hypothetical protein  28.51 
 
 
244 aa  96.3  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2910  hypothetical protein  27.16 
 
 
237 aa  95.9  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2093  hypothetical protein  29.92 
 
 
295 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.786818  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2705  hypothetical protein  29.92 
 
 
295 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.319747  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0594  hypothetical protein  29.86 
 
 
301 aa  95.5  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1102  zinc metalloprotease  38 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00846989  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2732  hypothetical protein  29.51 
 
 
295 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0568  hypothetical protein  37.82 
 
 
235 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  5.66322e-09 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3377  hypothetical protein  42.99 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.577966 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0503  hypothetical protein  26.82 
 
 
224 aa  93.2  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6032  hypothetical protein  29.86 
 
 
316 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0870  protein of unknown function DUF45  28.89 
 
 
224 aa  92.4  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0260023  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2757  hypothetical protein  29.86 
 
 
303 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.328108  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0379  hypothetical protein  31.06 
 
 
237 aa  92.4  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1312  hypothetical protein  32.05 
 
 
234 aa  92  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2347  hypothetical protein  29.09 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0698  hypothetical protein  29.09 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0713  hypothetical protein  29.09 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2731  hypothetical protein  29.09 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.896479  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2427  hypothetical protein  29.09 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.656656  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2622  hypothetical protein  29.86 
 
 
285 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276697  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0877  hypothetical protein  29.09 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>