More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2297 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2297  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
266 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844738  decreased coverage  3.70278e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2492  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  97.37 
 
 
266 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1840  glucose 1-dehydrogenase  75.94 
 
 
266 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.714483  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  58.65 
 
 
268 aa  340  1e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
285 aa  333  2e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.32 
 
 
271 aa  326  3e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40299  normal  0.0331692 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.23 
 
 
287 aa  322  5e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
269 aa  320  2e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.51 
 
 
269 aa  318  5e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.62 
 
 
272 aa  312  4e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0443  glucose 1-dehydrogenase  62.92 
 
 
266 aa  311  5e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.25 
 
 
269 aa  305  6e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.67 
 
 
266 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  45.28 
 
 
261 aa  234  1e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  45.28 
 
 
261 aa  234  1e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  45.28 
 
 
261 aa  234  1e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  44.91 
 
 
261 aa  234  1e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  44.91 
 
 
261 aa  233  2e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  44.91 
 
 
261 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  42.91 
 
 
263 aa  233  3e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  44.91 
 
 
261 aa  232  4e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  43.94 
 
 
261 aa  231  8e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  44.53 
 
 
261 aa  231  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4828  glucose-1-dehydrogenase  44.15 
 
 
261 aa  230  1e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  44.19 
 
 
261 aa  229  3e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0368  glucose-1-dehydrogenase  44.91 
 
 
261 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0342914  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
257 aa  216  3e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.88 
 
 
270 aa  212  5e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.763501 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
261 aa  211  9e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.499955 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.28 
 
 
247 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
265 aa  209  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.88 
 
 
247 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.17117e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  42.75 
 
 
269 aa  206  4e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
248 aa  205  7e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  5.36759e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.74 
 
 
250 aa  204  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.58 
 
 
250 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.58 
 
 
250 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  42.59 
 
 
266 aa  202  6e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.31 
 
 
246 aa  200  2e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  8.46656e-14 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.92 
 
 
246 aa  200  2e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.31 
 
 
246 aa  200  2e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  199  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.67 
 
 
246 aa  199  4e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.24 
 
 
268 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.271129  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  199  5e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  199  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  199  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.14 
 
 
244 aa  198  8e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.52 
 
 
246 aa  198  9e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  4.98723e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.19 
 
 
250 aa  198  9e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.88 
 
 
246 aa  197  1e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  197  1e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  40.89 
 
 
261 aa  195  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
261 aa  195  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
270 aa  195  6e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  43.03 
 
 
273 aa  194  9e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.55 
 
 
246 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  3.53478e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
261 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  41.73 
 
 
261 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  44.88 
 
 
249 aa  192  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  1.18605e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.34 
 
 
246 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
253 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.82185e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
247 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.75 
 
 
250 aa  190  2e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.19 
 
 
248 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  43.53 
 
 
250 aa  190  2e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.29 
 
 
252 aa  190  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  42.86 
 
 
250 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.96 
 
 
246 aa  189  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.34 
 
 
246 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.6 
 
 
250 aa  188  6e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  39.84 
 
 
247 aa  186  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3253  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.56 
 
 
250 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.19 
 
 
247 aa  186  3e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1745  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.92 
 
 
250 aa  186  4e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
249 aa  186  4e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.71 
 
 
247 aa  185  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  6.57249e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  39.84 
 
 
247 aa  185  7e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
245 aa  185  7e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.02 
 
 
251 aa  184  9e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  2.12417e-05  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
249 aa  184  1e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.06 
 
 
246 aa  183  2e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
245 aa  182  5e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
258 aa  181  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00311801  normal  0.334735 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.13 
 
 
246 aa  180  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.39 
 
 
246 aa  180  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.77 
 
 
249 aa  180  2e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  6.80764e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06521  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  43.92 
 
 
262 aa  180  3e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.39 
 
 
246 aa  178  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.13 
 
 
247 aa  177  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.64481e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
247 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.45 
 
 
247 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
251 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.55 
 
 
245 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
249 aa  175  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
266 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.551106  normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1374  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.13 
 
 
247 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
253 aa  175  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>