131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4610 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4610  LrgA family protein  100 
 
 		 128 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0874041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4486  LrgA family protein  91.41 
 
 		 128 aa  226  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4626  LrgA family protein  92.19 
 
 		 128 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0899  LrgA  70.08 
 
 		 128 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19680  hypothetical protein  66.93 
 
 		 129 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1694  hypothetical protein  66.14 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4336  LrgA family protein  42.98 
 
 		 162 aa  98.6  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.616789  normal  0.455064 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2921  LrgA family protein  41.96 
 
 		 163 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0325  hypothetical protein  45.61 
 
 		 139 aa  90.9  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.227394  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0341  hypothetical protein  45.61 
 
 		 139 aa  90.9  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3795  LrgA family protein  45.61 
 
 		 135 aa  90.1  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7209  hypothetical protein  46.96 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.621509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0421  LrgA family protein  43.86 
 
 		 135 aa  86.3  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.712638  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0046  LrgA family protein  42.31 
 
 		 148 aa  84.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0244  LrgA family protein  43.75 
 
 		 157 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3227  LrgA  53.42 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0035  LrgA family protein  44.21 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204482  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0062  LrgA family protein  53.42 
 
 		 157 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0027  LrgA  52.05 
 
 		 157 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0043  LrgA family protein  52.05 
 
 		 157 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0820  LrgA family protein  38.4 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743787  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0044  LrgA family protein  50.68 
 
 		 158 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0272  LrgA family protein  37.69 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1323  LrgA family protein  37.93 
 
 		 163 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4530  LrgA family protein  37.69 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.896487  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4665  LrgA family protein  37.69 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.338361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4617  LrgA family protein  37.69 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4615  LrgA family protein  37.69 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.299586 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4524  LrgA family protein  37.69 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4428  LrgA family protein  38.66 
 
 		 140 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0237  LrgA family protein  38.98 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0025  LrgA family protein  38.98 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1317  LrgA family protein  34.45 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09912e-21 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3200  hypothetical protein  35.9 
 
 		 153 aa  70.5  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.370954  normal  0.0153861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3050  LrgA family protein  40.18 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119689  normal  0.0263199 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1871  LrgA family protein  39.13 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2681  LrgA family protein  39.13 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1047  hypothetical protein  38.39 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0090  LrgA family protein  49.41 
 
 		 138 aa  70.1  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0024  LrgA family protein  45.16 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.131447  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0885  LrgA family protein  39.29 
 
 		 144 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000433815  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0026  LrgA family protein  38.98 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2768  LrgA family protein  39.13 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3500  LrgA family protein  38.14 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0100  LrgA family protein  49.41 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2908  LrgA family protein  35.71 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0922  LrgA family protein  39.29 
 
 		 144 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3389  LrgA family protein  36.61 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0954  LrgA family protein  36.61 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0989  LrgA family protein  36.61 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0975  LrgA family protein  36.61 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  38.37 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  38.37 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3025  LrgA family protein  39.29 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0268  hypothetical protein  44 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  34.38 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  37.21 
 
 		 121 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1606  LrgA  34.78 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0211  LrgA family protein  32.35 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0902  LrgA family protein  35.34 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000398223 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0083  LrgA  48.24 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.177337  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  31.53 
 
 		 248 aa  60.8  0.000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0273  hypothetical protein  42.67 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  30.36 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  34 
 
 		 116 aa  57  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1687  hypothetical protein  34.48 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000172146  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1358  LrgA family protein  25.44 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290916  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  30.43 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0829  LrgA family protein  34.02 
 
 		 139 aa  51.6  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5236  holin-like protein  29.17 
 
 		 122 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1947  lrgA family protein  25.86 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  30.43 
 
 		 127 aa  50.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2235  lrgA family protein  25.86 
 
 		 125 aa  50.8  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4960  holin-like protein  28.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4812  holin-like protein  28.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4822  holin-like protein  28.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5247  holin-like protein  28.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.697113  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5218  holin-like protein  28.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5705  holin-like protein  28.33 
 
 		 124 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0190593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5282  holin-like protein  28.33 
 
 		 124 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000144803  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5741  LrgA family protein  28.33 
 
 		 125 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.178867  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  35.09 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  28 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2927  holin-like protein  35.04 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00321045  normal  0.271061 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  29.25 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2542  hypothetical protein  28.3 
 
 		 136 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4925  holin-like protein  27.73 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.365696  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1443  holin-like protein  27.59 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.58028  hitchhiker  0.00000036945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0893  LrgA family protein  33.33 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  27 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3525  holin-like protein  25 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  32 
 
 		 125 aa  46.6  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1950  LrgA family protein  28.3 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000107186  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>