112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0829 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0829  LrgA family protein  100 
 
 
139 aa  262  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3050  LrgA family protein  56.56 
 
 
144 aa  122  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119689  normal  0.0263199 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0885  LrgA family protein  55.74 
 
 
144 aa  122  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000433815  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3025  LrgA family protein  54.1 
 
 
144 aa  119  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0922  LrgA family protein  54.92 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310437  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3389  LrgA family protein  51.97 
 
 
144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0954  LrgA family protein  51.97 
 
 
144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0989  LrgA family protein  51.97 
 
 
144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0975  LrgA family protein  51.97 
 
 
144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1047  hypothetical protein  52.46 
 
 
128 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0902  LrgA family protein  52.27 
 
 
144 aa  114  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000398223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2927  holin-like protein  55 
 
 
143 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00321045  normal  0.271061 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0893  LrgA family protein  50.38 
 
 
161 aa  95.9  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  36.45 
 
 
121 aa  74.7  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2921  LrgA family protein  37.96 
 
 
163 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0046  LrgA family protein  38.76 
 
 
148 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  35.51 
 
 
121 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0035  LrgA family protein  38.79 
 
 
158 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204482  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0062  LrgA family protein  38.79 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0044  LrgA family protein  38.79 
 
 
158 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8296  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0027  LrgA  38.79 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0043  LrgA family protein  38.79 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4336  LrgA family protein  32.61 
 
 
162 aa  71.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.616789  normal  0.455064 
 
 
-
 
NC_004310  BR0325  hypothetical protein  34.51 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.227394  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0341  hypothetical protein  34.51 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0272  LrgA family protein  40 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0320417  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0244  LrgA family protein  34.65 
 
 
157 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3227  LrgA  39.81 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4428  LrgA family protein  43.33 
 
 
140 aa  68.6  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1687  hypothetical protein  35.71 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000172146  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0820  LrgA family protein  38.93 
 
 
148 aa  68.2  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743787  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4617  LrgA family protein  40 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4615  LrgA family protein  40 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.299586 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4524  LrgA family protein  40 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4530  LrgA family protein  40 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.896487  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4665  LrgA family protein  40 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.338361  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0421  LrgA family protein  34.51 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.712638  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4486  LrgA family protein  33.33 
 
 
128 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7209  hypothetical protein  33.61 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.621509  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3795  LrgA family protein  35.4 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1871  LrgA family protein  39.83 
 
 
132 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0026  LrgA family protein  41.38 
 
 
156 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2681  LrgA family protein  39.83 
 
 
132 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2768  LrgA family protein  39.83 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0024  LrgA family protein  42.48 
 
 
149 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.131447  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4626  LrgA family protein  34.23 
 
 
128 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400287  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3500  LrgA family protein  40.52 
 
 
156 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0237  LrgA family protein  40.52 
 
 
156 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0025  LrgA family protein  40.52 
 
 
156 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4610  LrgA family protein  35.14 
 
 
128 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0874041  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0899  LrgA  35.87 
 
 
128 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1323  LrgA family protein  32.8 
 
 
163 aa  57.8  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0211  LrgA family protein  31.68 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3599  holin-like protein  33.65 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.348579  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3885  holin-like protein  33.65 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1606  LrgA  42.47 
 
 
186 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3766  holin-like protein  33.65 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000368627 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  30.09 
 
 
124 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3525  holin-like protein  33.33 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2117  LrgA family protein  25 
 
 
130 aa  49.7  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00374978  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5294  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5121  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5136  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5690  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5535  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5564  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5385  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.655957 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5572  murein hydrolase regulator LrgA  26.72 
 
 
170 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5233  murein hydrolase regulator LrgA  25.19 
 
 
143 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0090  LrgA family protein  37.97 
 
 
138 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5620  murein hydrolase regulator LrgA  26.05 
 
 
143 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0273  hypothetical protein  33.33 
 
 
129 aa  47.8  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0268  hypothetical protein  33.33 
 
 
129 aa  47.8  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19680  hypothetical protein  37.9 
 
 
129 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54207  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0100  LrgA family protein  37.97 
 
 
138 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2447  hypothetical protein  29.51 
 
 
138 aa  47  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3957  murein hydrolase regulator LrgA  27.1 
 
 
143 aa  46.2  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1443  holin-like protein  30.48 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.58028  hitchhiker  0.00000036945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0854  hypothetical protein  28.1 
 
 
129 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1694  hypothetical protein  36.29 
 
 
129 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  29.09 
 
 
135 aa  45.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  29.31 
 
 
135 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  30.48 
 
 
248 aa  45.4  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  28.45 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4925  holin-like protein  30.19 
 
 
122 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.365696  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1317  LrgA family protein  29.73 
 
 
121 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09912e-21 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5236  holin-like protein  29.13 
 
 
122 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4960  holin-like protein  28.3 
 
 
122 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478145  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4822  holin-like protein  28.3 
 
 
122 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5741  LrgA family protein  29.13 
 
 
125 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.178867  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5705  holin-like protein  29.13 
 
 
124 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0190593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>