More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1637 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1637  aminotransferase, class V  100 
 
 		 377 aa  771    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.681858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15030  cysteine desulfurase protein  72.61 
 
 		 377 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25790  hypothetical protein  72.27 
 
 		 377 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.226944 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2203  hypothetical protein  71.2 
 
 		 377 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1533  aminotransferase class V  68.8 
 
 		 377 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.172669  normal  0.519626 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1720  hypothetical protein  60.83 
 
 		 401 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0138813  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1280  hypothetical protein  57.5 
 
 		 411 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.586224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1656  aminotransferase, class V  52.57 
 
 		 377 aa  403  1e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000223228  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1413  aminotransferase, class V  55.12 
 
 		 381 aa  391  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354567  normal  0.630226 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0008  aminotransferase, class V  50.27 
 
 		 376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0672811  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1250  aminotransferase class V  50.82 
 
 		 372 aa  324  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0911  aminotransferase, class V  36.71 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2373  aminotransferase, class V  36.61 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2765  aminotransferase class V  34.17 
 
 		 379 aa  192  8e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1866  aminotransferase class V  34.33 
 
 		 387 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.733686  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0034  aminotransferase class V  29.26 
 
 		 376 aa  172  7.999999999999999e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.163206  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  29.7 
 
 		 393 aa  166  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1215  aminotransferase class V  31.32 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0737  aminotransferase, class V  28.42 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1512  aminotransferase class V  27.89 
 
 		 896 aa  155  1e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0374099 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1300  cysteine desulphurase-like protein  31.37 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0145428  hitchhiker  0.00325394 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1041  aminotransferase, class V  28.79 
 
 		 878 aa  144  4e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.31514  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3782  aminotransferase class V  33.33 
 
 		 384 aa  143  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0554  aminotransferase, class V  34.14 
 
 		 355 aa  142  8e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.721131  hitchhiker  0.00373299 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1122  hypothetical protein  29.05 
 
 		 879 aa  142  9e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0893  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.26 
 
 		 412 aa  137  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.918138  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.75 
 
 		 406 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2068  aminotransferase, class V  28.49 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1912  selenocysteine lyase  27.53 
 
 		 382 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1941  aminotransferase class V  28.49 
 
 		 394 aa  134  3e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0312599  normal  0.253942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  33 
 
 		 673 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186902 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5365  aminotransferase class V  27.63 
 
 		 379 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.262525  normal  0.71759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1868  aminotransferase, class V  28.78 
 
 		 380 aa  132  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5541  aminotransferase, class V  29.43 
 
 		 394 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4955  aminotransferase class V  28.76 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1798  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  30.25 
 
 		 406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0228411  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  34.01 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1505  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  30.34 
 
 		 406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000304018 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1486  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  30.34 
 
 		 406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.199299  hitchhiker  0.000000000797081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1969  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  30.34 
 
 		 406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0908482  hitchhiker  0.0000000737026 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0729  NifS protein  26.55 
 
 		 393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0788  aminotransferase class V  29.43 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2054  aminotransferase, class V  29.11 
 
 		 880 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.754406 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  32.33 
 
 		 672 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0228689 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1470  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  30.03 
 
 		 406 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.244975  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1338  cysteine desulfurase, SufS subfamily  32.33 
 
 		 674 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.986463 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2036  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  26.93 
 
 		 408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3040  aminotransferase, class V  32.26 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130075  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1427  SufS subfamily cysteine desulfurase  32 
 
 		 664 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5792  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.82 
 
 		 641 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2313  cysteine desulfurase family protein  28.49 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  30.37 
 
 		 406 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3222  cysteine sulfinate desulfinase  29.55 
 
 		 401 aa  126  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000462422  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0988  cysteine desulfurase, SufS subfamily  30.61 
 
 		 410 aa  126  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.699231  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.47 
 
 		 406 aa  126  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0220  aminotransferase (class V), putative  28.31 
 
 		 410 aa  126  7e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6148  aminotransferase class V  31.56 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  31.51 
 
 		 393 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1984  aminotransferase, class V  27.43 
 
 		 394 aa  124  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.278859  normal  0.836735 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  27.78 
 
 		 406 aa  125  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  27.78 
 
 		 406 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  27.78 
 
 		 406 aa  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0998  cysteine sulfinate desulfinase  29.26 
 
 		 401 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000110695  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1195  cysteine desulfurase, SufS subfamily  32.62 
 
 		 409 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.542201  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  27.47 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  27.47 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1050  cysteine sulfinate desulfinase  28.98 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  27.47 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  27.47 
 
 		 406 aa  124  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0925  cysteine sulfinate desulfinase  29.55 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.002092  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  27.47 
 
 		 406 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1489  cysteine desulfurase family protein  27.96 
 
 		 379 aa  123  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.742565  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  24.87 
 
 		 381 aa  123  6e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  27.78 
 
 		 406 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2945  aminotransferase, class V  31.48 
 
 		 381 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.119234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2219  phosphoadenosine phosphosulfate reductase  25.69 
 
 		 885 aa  122  9e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.911418 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1962  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.32 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00108569  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3807  cysteine sulfinate desulfinase  31.97 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000833089  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.77 
 
 		 412 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1341  aminotransferase class V  30.63 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2495  cysteine desulfurase family protein  29.33 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123711  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4777  aminotransferase, class V  26.19 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0469336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.33 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3075  cysteine desulfurase family protein  28.79 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000209414 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1516  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.05 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000472284  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2394  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.32 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0201879  hitchhiker  0.000057861 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0234  selenocysteine lyase  27.27 
 
 		 400 aa  121  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2402  cysteine desulfurase family protein  26.4 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2329  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.97 
 
 		 409 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8515  aminotransferase class V  28.3 
 
 		 401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372361  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4866  aminotransferase, class V  25.26 
 
 		 401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.403598  unclonable  0.000000172014 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1881  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.32 
 
 		 406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000647321  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3723  aminotransferase class V  30.99 
 
 		 372 aa  119  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.15701  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  31.27 
 
 		 407 aa  119  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  32.1 
 
 		 413 aa  119  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1038  cysteine desulfurase family protein  28.11 
 
 		 382 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028217  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3379  cysteine sulfinate desulfinase  29.69 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0306  SufS subfamily cysteine desulfurase  30.56 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0801844 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  26.38 
 
 		 407 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1896  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  28.7 
 
 		 406 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>