144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plut_0005 on replicon NC_007512
Organism: Chlorobium luteolum DSM 273



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_0027  DNA polymerase B region  67.68 
 
 
796 aa  1128  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2007  DNA-directed DNA polymerase B  67.61 
 
 
788 aa  1125  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1412  DNA polymerase B region  47.02 
 
 
785 aa  691  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0005  DNA-directed DNA polymerase B  100 
 
 
792 aa  1622  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.775002  normal  0.276245 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0006  cyclic nucleotide-binding protein  67.47 
 
 
793 aa  1098  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0007  DNA polymerase B region  63.8 
 
 
796 aa  1043  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0006  DNA polymerase B region  62.13 
 
 
800 aa  1034  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0104933 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0006  DNA polymerase B region  71.25 
 
 
811 aa  1189  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0296  DNA polymerase B region  42.25 
 
 
743 aa  556  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3245  DNA polymerase II, putative  39.81 
 
 
745 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3187  DNA polymerase B, exonuclease  39.26 
 
 
744 aa  507  1e-142  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  1.63636e-08 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  34.17 
 
 
735 aa  337  4e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0476  DNA polymerase B, exonuclease  26.77 
 
 
707 aa  274  4e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0121312  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  27.63 
 
 
603 aa  150  1e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  23.82 
 
 
780 aa  143  1e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  23.88 
 
 
780 aa  141  5e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  23.51 
 
 
781 aa  140  8e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  25 
 
 
781 aa  135  3e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  2.27387e-08  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  25.74 
 
 
785 aa  134  5e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  26.03 
 
 
784 aa  134  6e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  27.09 
 
 
794 aa  134  8e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  23.71 
 
 
810 aa  133  1e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  23.87 
 
 
783 aa  129  2e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  7.68017e-06  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  24.34 
 
 
811 aa  122  2e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  24.83 
 
 
783 aa  121  6e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  25.3 
 
 
607 aa  120  9e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  22.77 
 
 
784 aa  117  9e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  24.31 
 
 
786 aa  114  7e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  24.14 
 
 
910 aa  100  9e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  24.09 
 
 
932 aa  99.8  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  25 
 
 
794 aa  95.9  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  1.96312e-05 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  24.56 
 
 
789 aa  94.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  27.35 
 
 
786 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  23.15 
 
 
1058 aa  93.6  1e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  24.51 
 
 
818 aa  93.6  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  24.68 
 
 
787 aa  93.2  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  23.84 
 
 
982 aa  92  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  22.49 
 
 
1459 aa  92  4e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  23.55 
 
 
791 aa  91.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  26.45 
 
 
809 aa  90.9  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  23.94 
 
 
816 aa  90.1  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  25 
 
 
788 aa  89.4  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  25.87 
 
 
795 aa  90.1  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  26.63 
 
 
809 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.33393e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  22.97 
 
 
788 aa  89.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  22.27 
 
 
941 aa  88.6  4e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  27.81 
 
 
790 aa  88.6  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  25.94 
 
 
809 aa  88.2  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.53184e-05  hitchhiker  5.81945e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  22.02 
 
 
789 aa  88.6  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  24.35 
 
 
792 aa  88.2  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  23.11 
 
 
1087 aa  87.8  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  25.94 
 
 
809 aa  87.4  8e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_297  predicted protein  22.87 
 
 
990 aa  87  1e-15  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400359  normal  0.313206 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  24.75 
 
 
821 aa  87  1e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  27.16 
 
 
786 aa  87  1e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  22.28 
 
 
790 aa  87  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  26.17 
 
 
810 aa  85.9  2e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  25.51 
 
 
788 aa  85.9  3e-15  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  23.86 
 
 
788 aa  85.9  3e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  22.54 
 
 
789 aa  85.9  3e-15  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  22.54 
 
 
789 aa  85.9  3e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  26.92 
 
 
786 aa  85.5  3e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  22.54 
 
 
789 aa  85.5  3e-15  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  25.19 
 
 
795 aa  85.5  3e-15  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  25.56 
 
 
793 aa  85.1  5e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  1.62261e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  24.96 
 
 
787 aa  84.7  6e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  24.22 
 
 
787 aa  84.7  6e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  26.36 
 
 
816 aa  84.3  8e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  23.88 
 
 
787 aa  84.3  8e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  22.43 
 
 
791 aa  84  9e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  26.22 
 
 
797 aa  84  1e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  22.71 
 
 
794 aa  84  1e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  26.33 
 
 
810 aa  83.6  1e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  5.29366e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  23.9 
 
 
786 aa  83.6  1e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  22.71 
 
 
794 aa  84  1e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  25.93 
 
 
782 aa  83.6  1e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  23.9 
 
 
786 aa  82.8  2e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  22.53 
 
 
794 aa  82.8  2e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  26.12 
 
 
808 aa  83.2  2e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  26.82 
 
 
790 aa  82.8  3e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  24.81 
 
 
793 aa  82.4  3e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  25.53 
 
 
810 aa  82  4e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  4.08112e-05 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  25.12 
 
 
792 aa  81.6  5e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  26.24 
 
 
787 aa  81.3  7e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  24.87 
 
 
929 aa  80.9  8e-14  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  25.75 
 
 
821 aa  80.9  8e-14  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  23.17 
 
 
799 aa  80.9  8e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  25.19 
 
 
786 aa  80.9  9e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  24.76 
 
 
788 aa  80.9  9e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  24.94 
 
 
912 aa  80.1  1e-13  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  26.24 
 
 
788 aa  79.7  2e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  25.38 
 
 
783 aa  79.3  3e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  25.38 
 
 
783 aa  79.3  3e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  25.38 
 
 
783 aa  79.3  3e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  25.93 
 
 
820 aa  79.3  3e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  24.87 
 
 
807 aa  78.6  4e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  3.70941e-05 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07325  catalytic subunit of DNA polymerase delta (Eurofung)  23.65 
 
 
1044 aa  78.6  4e-13  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  23.18 
 
 
1070 aa  78.6  4e-13  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  25.38 
 
 
783 aa  78.6  4e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  25.38 
 
 
783 aa  78.2  5e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>