139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0006 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1412  DNA polymerase B region  48.78 
 
 		 785 aa  722    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0005  DNA-directed DNA polymerase B  67.47 
 
 		 792 aa  1087    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.775002  normal  0.276245 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2007  DNA-directed DNA polymerase B  66.71 
 
 		 788 aa  1109    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0006  DNA polymerase B region  62.69 
 
 		 800 aa  1049    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0104933 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0027  DNA polymerase B region  68.55 
 
 		 796 aa  1149    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0007  DNA polymerase B region  65.54 
 
 		 796 aa  1077    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0006  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 793 aa  1618    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0006  DNA polymerase B region  70.44 
 
 		 811 aa  1177    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0296  DNA polymerase B region  43.24 
 
 		 743 aa  590  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3187  DNA polymerase B, exonuclease  41.31 
 
 		 744 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000163636 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3245  DNA polymerase II, putative  40.59 
 
 		 745 aa  560  1e-158  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  33.92 
 
 		 735 aa  330  8e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0476  DNA polymerase B, exonuclease  27.17 
 
 		 707 aa  298  3e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0121312  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  26.35 
 
 		 603 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  26.83 
 
 		 780 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  26.4 
 
 		 810 aa  137  9.999999999999999e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  25.82 
 
 		 781 aa  134  5e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  26.3 
 
 		 780 aa  134  6e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  25.23 
 
 		 784 aa  123  9.999999999999999e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  23.18 
 
 		 811 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  24.42 
 
 		 784 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  24.74 
 
 		 781 aa  117  7.999999999999999e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  25.15 
 
 		 941 aa  114  8.000000000000001e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  24.24 
 
 		 783 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  25.05 
 
 		 794 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  24.46 
 
 		 785 aa  110  1e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  23.92 
 
 		 786 aa  110  1e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.7 
 
 		 932 aa  103  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  22.54 
 
 		 783 aa  103  1e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  24.24 
 
 		 607 aa  102  3e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  23.83 
 
 		 910 aa  99.4  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  28.3 
 
 		 818 aa  98.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  25.19 
 
 		 801 aa  95.1  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  26.17 
 
 		 793 aa  94  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  25.64 
 
 		 799 aa  94  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  24.28 
 
 		 794 aa  90.5  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  23.57 
 
 		 816 aa  89.7  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  24.7 
 
 		 807 aa  90.1  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  24.3 
 
 		 787 aa  89.7  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  24.19 
 
 		 1087 aa  88.2  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  23.38 
 
 		 789 aa  86.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  23.33 
 
 		 787 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  23.57 
 
 		 790 aa  85.9  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  25.75 
 
 		 821 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  23.16 
 
 		 783 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  24.28 
 
 		 790 aa  85.5  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  23.32 
 
 		 783 aa  84.3  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  23.32 
 
 		 783 aa  84.3  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  23 
 
 		 783 aa  84.3  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  23 
 
 		 783 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  24.73 
 
 		 792 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  23 
 
 		 783 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  23 
 
 		 783 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  26.04 
 
 		 810 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  23 
 
 		 783 aa  82.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  24.62 
 
 		 912 aa  83.2  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  26.54 
 
 		 786 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  24.04 
 
 		 789 aa  82.8  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  24.03 
 
 		 982 aa  82  0.00000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  26.29 
 
 		 810 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  23.16 
 
 		 783 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  22.33 
 
 		 791 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  23.95 
 
 		 1070 aa  81.3  0.00000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  26.36 
 
 		 808 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  25.93 
 
 		 809 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  25.8 
 
 		 810 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  25.93 
 
 		 809 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  21.38 
 
 		 782 aa  79  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  25.93 
 
 		 809 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  25.93 
 
 		 809 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  25.46 
 
 		 797 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  22.58 
 
 		 791 aa  78.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  23.84 
 
 		 795 aa  77.8  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0081  DNA polymerase I-like  26.76 
 
 		 311 aa  76.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  23.01 
 
 		 792 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  25.6 
 
 		 795 aa  77  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  22.47 
 
 		 788 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  26.35 
 
 		 788 aa  76.6  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  23.09 
 
 		 787 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  22.68 
 
 		 816 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  22.77 
 
 		 789 aa  76.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  22.77 
 
 		 789 aa  76.3  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  22.77 
 
 		 789 aa  76.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  25.35 
 
 		 786 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  26.05 
 
 		 790 aa  75.5  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  23.18 
 
 		 1058 aa  75.1  0.000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  21.8 
 
 		 793 aa  75.1  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  26.11 
 
 		 788 aa  75.1  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  23.98 
 
 		 786 aa  74.7  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  25.19 
 
 		 787 aa  74.7  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  24.81 
 
 		 786 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  23.45 
 
 		 1459 aa  74.3  0.000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  24.81 
 
 		 786 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  25.27 
 
 		 783 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  25.12 
 
 		 820 aa  73.6  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  27.39 
 
 		 786 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  25.27 
 
 		 783 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  25.27 
 
 		 783 aa  73.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  22.82 
 
 		 788 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  25.96 
 
 		 821 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>