85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2126 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  100 
 
 		 413 aa  840    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  100 
 
 		 652 aa  1262    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  51.36 
 
 		 611 aa  362  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  51.36 
 
 		 379 aa  352  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  50.8 
 
 		 492 aa  347  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  39.26 
 
 		 491 aa  323  6e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  33.94 
 
 		 400 aa  194  5e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  34.3 
 
 		 443 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  33.33 
 
 		 381 aa  162  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.61 
 
 		 416 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.77 
 
 		 436 aa  141  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.45 
 
 		 433 aa  135  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.81 
 
 		 433 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  30.85 
 
 		 367 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  30.54 
 
 		 399 aa  125  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.9 
 
 		 413 aa  120  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.32 
 
 		 413 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.89 
 
 		 432 aa  117  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.74 
 
 		 383 aa  117  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.33 
 
 		 413 aa  117  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.38 
 
 		 385 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  28.73 
 
 		 380 aa  115  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  28.84 
 
 		 515 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  28.84 
 
 		 515 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  28.84 
 
 		 515 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  28.84 
 
 		 515 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  28.84 
 
 		 515 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.13 
 
 		 436 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  28.84 
 
 		 465 aa  112  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.8 
 
 		 368 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  31.22 
 
 		 421 aa  108  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  28.27 
 
 		 360 aa  107  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  27.52 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.86 
 
 		 414 aa  107  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.94 
 
 		 373 aa  107  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.27 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.27 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.23 
 
 		 411 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  26.95 
 
 		 382 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  26.95 
 
 		 382 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.7 
 
 		 413 aa  103  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.75 
 
 		 394 aa  101  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0584  capsule polysaccharide export  25.75 
 
 		 569 aa  100  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4085  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.79 
 
 		 448 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160773  normal  0.368018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4453  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.79 
 
 		 448 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  28.41 
 
 		 407 aa  98.2  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  28.96 
 
 		 365 aa  97.8  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  27.04 
 
 		 585 aa  97.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  25 
 
 		 378 aa  95.1  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  25 
 
 		 382 aa  94.7  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  25 
 
 		 382 aa  94.4  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  27.5 
 
 		 372 aa  94  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4566  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.52 
 
 		 448 aa  94  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.82 
 
 		 414 aa  94  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  29.28 
 
 		 388 aa  92  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.09 
 
 		 442 aa  91.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  25.64 
 
 		 372 aa  89.7  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  26.69 
 
 		 372 aa  90.1  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  25.64 
 
 		 372 aa  89.7  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.51 
 
 		 369 aa  88.2  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  23.03 
 
 		 483 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  24.65 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  28.73 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  28.42 
 
 		 391 aa  83.6  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  30.43 
 
 		 388 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5067  cell surface protein  24.02 
 
 		 3409 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.49 
 
 		 430 aa  73.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  23.65 
 
 		 579 aa  72  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  22.49 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  23.64 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5038  conserved repeat domain protein  22.22 
 
 		 3521 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.46 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  25.46 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  26.22 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  24.35 
 
 		 590 aa  64.3  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  24.08 
 
 		 2449 aa  61.6  0.00000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  24.86 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4659  cell surface protein  22.28 
 
 		 3472 aa  58.5  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4640  cell surface anchor  22.28 
 
 		 3471 aa  58.5  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  23.35 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  22.49 
 
 		 387 aa  51.2  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf462  hypothetical lipoprotein  37.91 
 
 		 228 aa  47.8  0.0006  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000141923  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0145  TolA domain-containing protein  42.31 
 
 		 497 aa  47  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32459  predicted protein  33.87 
 
 		 848 aa  44.7  0.005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5164  hypothetical protein  35.29 
 
 		 276 aa  43.9  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.830633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>