196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0731 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
238 aa  478  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.68 
 
 
248 aa  279  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.17 
 
 
255 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.34 
 
 
255 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  59.75 
 
 
255 aa  275  5e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  58.75 
 
 
261 aa  265  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  57.2 
 
 
247 aa  260  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  40 
 
 
291 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.22 
 
 
293 aa  144  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.02 
 
 
294 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  42.86 
 
 
276 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.45 
 
 
312 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.82 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.7 
 
 
316 aa  138  7.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.15 
 
 
293 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  39.52 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  38.06 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  38.89 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  44.62 
 
 
277 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  37.4 
 
 
284 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.15 
 
 
293 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  39.92 
 
 
283 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  39.68 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.25 
 
 
292 aa  129  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.19 
 
 
241 aa  129  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  43.86 
 
 
275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.62 
 
 
222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.54 
 
 
293 aa  128  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  42.33 
 
 
248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.14 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  35.57 
 
 
293 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  35.95 
 
 
279 aa  125  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.69 
 
 
328 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  33.2 
 
 
291 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  33.83 
 
 
293 aa  122  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.06 
 
 
288 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  32.11 
 
 
279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.48 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  32.52 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  33.59 
 
 
287 aa  112  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  33.59 
 
 
287 aa  112  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  25.3 
 
 
268 aa  111  8.000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  29.84 
 
 
286 aa  104  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  26.45 
 
 
278 aa  99  6e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  26.45 
 
 
278 aa  97.8  1e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  33.75 
 
 
306 aa  87.4  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.99 
 
 
334 aa  86.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.32 
 
 
354 aa  79  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.18 
 
 
373 aa  72  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.51 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  25.4 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.88 
 
 
354 aa  70.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  25.79 
 
 
346 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.87 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.34 
 
 
347 aa  68.6  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.66 
 
 
336 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  27.36 
 
 
438 aa  67  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  26.36 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  29.34 
 
 
335 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.69 
 
 
339 aa  63.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  24.29 
 
 
310 aa  62.4  0.000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  28.93 
 
 
311 aa  62.4  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.93 
 
 
311 aa  62  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  26.61 
 
 
348 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  24.4 
 
 
342 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.33 
 
 
328 aa  60.5  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  25.09 
 
 
657 aa  60.8  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  26.22 
 
 
291 aa  59.7  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.43 
 
 
325 aa  59.3  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.33 
 
 
348 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.78 
 
 
317 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  28.21 
 
 
352 aa  58.5  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  22.17 
 
 
302 aa  58.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.58 
 
 
348 aa  57.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  29.71 
 
 
348 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3708  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.8 
 
 
324 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0106413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  25.71 
 
 
308 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.55 
 
 
326 aa  56.6  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  25.76 
 
 
349 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.85 
 
 
317 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.34 
 
 
335 aa  55.5  0.0000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  26.78 
 
 
375 aa  55.1  0.0000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  24.75 
 
 
258 aa  54.7  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.71 
 
 
309 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3469  folate-binding protein YgfZ  24.69 
 
 
375 aa  55.1  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  24.75 
 
 
258 aa  54.7  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  22.71 
 
 
346 aa  53.9  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  33.7 
 
 
322 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.11 
 
 
309 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.53 
 
 
336 aa  53.5  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  26.67 
 
 
345 aa  53.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3533  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.2 
 
 
337 aa  52.8  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.91 
 
 
313 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0063  folate-binding protein YgfZ  24.32 
 
 
356 aa  52.4  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>