120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1344 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  100 
 
 
147 aa  301  2e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  7.23092e-08  unclonable  1.08063e-06 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  73.02 
 
 
131 aa  193  8e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  51.64 
 
 
138 aa  128  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  50 
 
 
139 aa  126  1e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  50.81 
 
 
139 aa  125  2e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  50 
 
 
139 aa  124  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  46.4 
 
 
139 aa  120  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  47.58 
 
 
139 aa  118  2e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  46.4 
 
 
139 aa  118  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  47.2 
 
 
139 aa  118  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  46.4 
 
 
139 aa  117  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  45.6 
 
 
139 aa  117  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  44.8 
 
 
139 aa  114  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  42.19 
 
 
141 aa  111  4e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  42.19 
 
 
134 aa  110  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3947  nickel responsive regulator  43.31 
 
 
154 aa  108  2e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1953  nickel responsive regulator  43.2 
 
 
167 aa  108  2e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  40.31 
 
 
137 aa  108  3e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  39.37 
 
 
143 aa  108  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0530  nickel responsive regulator  42.86 
 
 
139 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0440783  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0497  nickel responsive regulator  42.11 
 
 
139 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.492849  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  39.53 
 
 
140 aa  105  3e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0525  nickel responsive regulator  42.11 
 
 
139 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.317174  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  39.53 
 
 
137 aa  103  7e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  41.13 
 
 
135 aa  103  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3645  CopG family transcriptional regulator  40.77 
 
 
136 aa  102  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  41.73 
 
 
140 aa  102  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1182  nickel responsive regulator  37.5 
 
 
141 aa  101  4e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1674  nickel-responsive regulator  43.08 
 
 
136 aa  101  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.750347  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2765  nickel responsive regulator  39.72 
 
 
139 aa  101  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.648121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  38.4 
 
 
134 aa  100  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  36.96 
 
 
141 aa  100  7e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1017  nickel responsive regulator  36.23 
 
 
141 aa  99  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  36.22 
 
 
156 aa  99  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  36.23 
 
 
141 aa  98.6  3e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  39.37 
 
 
164 aa  98.2  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0662  nickel responsive regulator  40.62 
 
 
140 aa  97.8  5e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0229415  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  36.72 
 
 
137 aa  97.4  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  34.78 
 
 
141 aa  96.3  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  37.8 
 
 
140 aa  95.9  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0755  nickel responsive regulator  39.06 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0805  nickel responsive regulator  39.06 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.822913  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5239  nickel responsive regulator  38.58 
 
 
147 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2412  nickel responsive regulator  38.58 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0049093  normal  0.0222031 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2743  CopG family transcriptional regulator  39.84 
 
 
138 aa  94.4  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00281756  hitchhiker  0.00032337 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  38.52 
 
 
135 aa  93.6  7e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3039  nickel responsive regulator  39.37 
 
 
139 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  39.06 
 
 
140 aa  92.8  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  37.01 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  35.94 
 
 
140 aa  92  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0842  CopG family transcriptional regulator  37.7 
 
 
151 aa  91.7  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.514267  normal  0.251181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  39.53 
 
 
153 aa  91.3  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  36.22 
 
 
132 aa  90.5  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  34.65 
 
 
135 aa  90.1  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  37.9 
 
 
156 aa  89  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0076  CopG family transcriptional regulator  35.92 
 
 
151 aa  89  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  34.65 
 
 
172 aa  89  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0039  CopG family transcriptional regulator  33.88 
 
 
152 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.248709 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  31.11 
 
 
138 aa  88.2  3e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  37.69 
 
 
139 aa  86.7  9e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  36.43 
 
 
150 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3004  nickel responsive regulator  36.51 
 
 
138 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3341  nickel responsive regulator  36.51 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.370359  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  38.1 
 
 
139 aa  84  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  35.66 
 
 
148 aa  84  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6191  CopG family transcriptional regulator  34.4 
 
 
167 aa  83.2  1e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1643  CopG family transcriptional regulator  35.25 
 
 
140 aa  83.2  1e-15  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  decreased coverage  2.69216e-05 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0606  putative transcriptional regulator, CopG family  34.43 
 
 
140 aa  82.8  2e-15  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0164  transcriptional regulator NikR, CopG family  35 
 
 
172 aa  81.6  3e-15  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.200645  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2250  CopG family transcriptional regulator  33.59 
 
 
141 aa  81.6  3e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000647292  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  35.94 
 
 
140 aa  80.9  5e-15  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2239  CopG family transcriptional regulator  33.61 
 
 
140 aa  80.1  1e-14  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.849236  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0609  CopG family transcriptional regulator  32.62 
 
 
158 aa  79  2e-14  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396237  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4064  CopG family transcriptional regulator  33.59 
 
 
147 aa  78.6  3e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.516784  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3956  nickel responsive regulator  40.48 
 
 
145 aa  77.4  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3896  nickel responsive regulator  40.48 
 
 
145 aa  77.4  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3853  nickel responsive regulator  40.48 
 
 
145 aa  77.4  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3786  nickel responsive regulator  40.48 
 
 
145 aa  77.4  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3776  nickel responsive regulator  40.48 
 
 
133 aa  77.4  6e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.472074  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1839  nickel responsive regulator  43.31 
 
 
133 aa  77.4  6e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.442629  normal  0.0456101 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3840  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03283  hypothetical protein  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4821  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03330  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0234  putative transcriptional regulator, CopG family  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3965  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3680  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0235  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77  7e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3765  nickel responsive regulator  41.73 
 
 
133 aa  77.4  7e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0162  CopG family transcriptional regulator  33.06 
 
 
139 aa  75.9  2e-13  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0411  CopG family transcriptional regulator  34.21 
 
 
132 aa  71.6  3e-12  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.629331  normal  0.0285278 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1718  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.4 
 
 
133 aa  72  3e-12  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0193  CopG family transcriptional regulator  34.21 
 
 
132 aa  70.5  7e-12  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.272405 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0299  transcriptional regulator NikR, CopG family  36.13 
 
 
136 aa  66.6  1e-10  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.345818  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1789  CopG family transcriptional regulator  30.4 
 
 
157 aa  65.1  3e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1305  CopG family transcriptional regulator  31.58 
 
 
129 aa  64.3  5e-10  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.145448  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6071  CopG family transcriptional regulator  29.86 
 
 
153 aa  63.9  6e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1236  CopG family transcriptional regulator  27.5 
 
 
133 aa  60.1  9e-09  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1293  putative transcriptional regulator, CopG family  26.19 
 
 
159 aa  59.3  2e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4446  CopG family transcriptional regulator  28.67 
 
 
154 aa  58.5  3e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>