59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4041 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2089  host specificity protein J, internal deletion  98.63 
 
 		 1093 aa  2197    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0154474  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4041  host specificity protein J, internal deletion  100 
 
 		 1093 aa  2220    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0753321  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3392  hypothetical protein  75.84 
 
 		 2400 aa  1115    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000447967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1353  hypothetical protein  56.52 
 
 		 1830 aa  898    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.169876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2772  fibronectin, type III  35.61 
 
 		 1194 aa  295  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00979345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0785  carbohydrate-binding family V/XII protein  37.83 
 
 		 1221 aa  275  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08300  putative phage-related protein, tail component  36.56 
 
 		 1219 aa  255  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627181  hitchhiker  0.0000838912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2426  type III fibronectin  37.12 
 
 		 1188 aa  238  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.506749  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2940  prophage LambdaSo, host specificity protein J, putative  46.29 
 
 		 1341 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3882  hypothetical protein  41.85 
 
 		 1100 aa  178  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.673506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1062  host specificity protein J  44.02 
 
 		 1101 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1694  hypothetical protein  43.54 
 
 		 1092 aa  164  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0094  fibronectin type III domain-containing protein  40.84 
 
 		 1543 aa  159  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000020422 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1634  hypothetical protein  41.15 
 
 		 1133 aa  154  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.154038  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1698  bacteriophage protein  45.83 
 
 		 1051 aa  144  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.0762686 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2232  Phage-related protein tail component-like protein  30.06 
 
 		 1915 aa  125  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2576  Protein of unknown function DUF1983  50.39 
 
 		 1816 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.191174 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3156  hypothetical protein  27.95 
 
 		 934 aa  112  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.837395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3927  hypothetical protein  40.76 
 
 		 2007 aa  112  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2219  fibronectin, type III domain-containing protein  36.41 
 
 		 1061 aa  95.5  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2374  fibronectin type III domain-containing protein  34.2 
 
 		 1067 aa  85.5  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.213672  normal  0.639425 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3094  hypothetical protein  32.99 
 
 		 348 aa  83.2  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2990  hypothetical protein  25.38 
 
 		 1153 aa  83.2  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0880  host specificity protein  41.41 
 
 		 1157 aa  80.5  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1639  fibronectin type III domain-containing protein  30.1 
 
 		 881 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.994447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1802  hypothetical protein  41.41 
 
 		 951 aa  80.5  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0582533 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3120  hypothetical protein  41.41 
 
 		 1157 aa  80.5  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0703076 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0256  fibronectin type III domain-containing protein  23.85 
 
 		 590 aa  79.7  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282629  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3188  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1158 aa  79.7  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000183265 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1203  fibronectin type III domain-containing protein  41.41 
 
 		 1159 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.272473  normal  0.0174889 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1878  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1158 aa  79.7  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.1744 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1474  fibronectin type III domain protein  40.4 
 
 		 1012 aa  79.3  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2109  hypothetical protein  41.41 
 
 		 1159 aa  79.3  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000420238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1641  hypothetical protein  30.48 
 
 		 885 aa  77  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.118631 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1315  hypothetical protein  23.12 
 
 		 1221 aa  75.5  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2085  hypothetical protein  23.12 
 
 		 1221 aa  75.5  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2762  hypothetical protein  43 
 
 		 1159 aa  75.1  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.619674 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2873  hypothetical protein  43 
 
 		 1159 aa  75.1  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2167  hypothetical protein  43 
 
 		 837 aa  74.7  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.981242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1201  hypothetical protein  43 
 
 		 1157 aa  74.7  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1874  hypothetical protein  25.69 
 
 		 885 aa  74.7  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.556351 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0708  host specificity protein  30.82 
 
 		 1120 aa  72.4  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.024039 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2796  host specificity protein  30.19 
 
 		 1120 aa  71.2  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3437  fibronectin type III domain-containing protein  25.67 
 
 		 1135 aa  70.1  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230863  normal  0.852074 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1158  host specificity protein J  28.64 
 
 		 1116 aa  68.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.410108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1086  host specificity protein J  29.75 
 
 		 1116 aa  68.2  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0663  gp29  30.94 
 
 		 1059 aa  67.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000117932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10054  tail:host specificity protein  27.37 
 
 		 1132 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00750  hypothetical protein  27.37 
 
 		 1132 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0913  hypothetical protein  27.32 
 
 		 1137 aa  66.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1638  hypothetical protein  27.32 
 
 		 1132 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.498718 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1994  phage tail fiber protein  23.31 
 
 		 1564 aa  60.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.38979  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1764  hypothetical protein  24.53 
 
 		 771 aa  58.9  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0992615  normal  0.125596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0298  hypothetical protein  27.55 
 
 		 1570 aa  57  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.620939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0630  hypothetical protein  24.37 
 
 		 1253 aa  55.5  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1235  hypothetical protein  22.56 
 
 		 716 aa  54.3  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431685  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1315  hypothetical protein  22.09 
 
 		 702 aa  51.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3342  hypothetical protein  24.42 
 
 		 849 aa  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.696824  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1583  hypothetical protein  24.69 
 
 		 1329 aa  45.4  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.917708 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>