59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3392 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1353  hypothetical protein  60.22 
 
 		 1830 aa  840    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.169876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3392  hypothetical protein  100 
 
 		 2400 aa  4817    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000447967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2089  host specificity protein J, internal deletion  62.28 
 
 		 1093 aa  1124    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0154474  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4041  host specificity protein J, internal deletion  62.07 
 
 		 1093 aa  1127    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0753321  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3927  hypothetical protein  62.86 
 
 		 2007 aa  162  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2576  Protein of unknown function DUF1983  57.06 
 
 		 1816 aa  154  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.191174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2232  Phage-related protein tail component-like protein  32.97 
 
 		 1915 aa  132  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3156  hypothetical protein  28.39 
 
 		 934 aa  105  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.837395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2940  prophage LambdaSo, host specificity protein J, putative  50 
 
 		 1341 aa  102  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1634  hypothetical protein  30.5 
 
 		 1133 aa  101  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.154038  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2990  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1153 aa  90.5  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3882  hypothetical protein  31.58 
 
 		 1100 aa  89  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.673506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1062  host specificity protein J  31.2 
 
 		 1101 aa  87  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1694  hypothetical protein  30.68 
 
 		 1092 aa  83.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2488  Carbohydrate-binding CenC domain protein  31.2 
 
 		 1120 aa  83.2  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1315  hypothetical protein  24.59 
 
 		 1221 aa  80.1  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2085  hypothetical protein  24.59 
 
 		 1221 aa  80.1  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0256  fibronectin type III domain-containing protein  24.06 
 
 		 590 aa  79  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282629  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0094  fibronectin type III domain-containing protein  39.26 
 
 		 1543 aa  75.5  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000020422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2426  type III fibronectin  26.74 
 
 		 1188 aa  72  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.506749  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1641  hypothetical protein  26.95 
 
 		 885 aa  70.5  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.118631 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1874  hypothetical protein  26.64 
 
 		 885 aa  68.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.556351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0785  carbohydrate-binding family V/XII protein  27.82 
 
 		 1221 aa  65.9  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1583  hypothetical protein  35.48 
 
 		 1329 aa  65.9  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.917708 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3437  fibronectin type III domain-containing protein  25.88 
 
 		 1135 aa  63.5  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230863  normal  0.852074 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1158  host specificity protein J  28.37 
 
 		 1116 aa  63.2  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.410108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0663  gp29  25.79 
 
 		 1059 aa  62.8  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000117932 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1201  hypothetical protein  32.21 
 
 		 1157 aa  62.8  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1698  bacteriophage protein  29.63 
 
 		 1051 aa  62  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.0762686 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1764  hypothetical protein  26.87 
 
 		 771 aa  61.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0992615  normal  0.125596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08300  putative phage-related protein, tail component  38.53 
 
 		 1219 aa  59.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627181  hitchhiker  0.0000838912 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2762  hypothetical protein  32 
 
 		 1159 aa  57.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.619674 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2167  hypothetical protein  29.63 
 
 		 837 aa  58.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.981242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2873  hypothetical protein  32 
 
 		 1159 aa  57.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1086  host specificity protein J  27.31 
 
 		 1116 aa  57.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2772  fibronectin, type III  32.89 
 
 		 1194 aa  56.6  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00979345 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0880  host specificity protein  29.67 
 
 		 1157 aa  55.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3342  hypothetical protein  25.13 
 
 		 849 aa  55.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.696824  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3120  hypothetical protein  29.67 
 
 		 1157 aa  54.7  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0703076 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1802  hypothetical protein  29.67 
 
 		 951 aa  54.3  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0582533 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5328  phage minor structural protein  21.67 
 
 		 2196 aa  52.4  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1315  hypothetical protein  23.52 
 
 		 702 aa  52.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31950  hypothetical protein  25 
 
 		 304 aa  51.2  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0149885  normal  0.132693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1994  phage tail fiber protein  21.89 
 
 		 1564 aa  48.9  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.38979  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1638  hypothetical protein  27.04 
 
 		 1132 aa  48.9  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.498718 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0913  hypothetical protein  27.04 
 
 		 1137 aa  48.9  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00750  hypothetical protein  27.04 
 
 		 1132 aa  48.9  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1639  fibronectin type III domain-containing protein  28.57 
 
 		 881 aa  48.9  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.994447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10054  tail:host specificity protein  27.04 
 
 		 1132 aa  48.9  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2109  hypothetical protein  24.5 
 
 		 1159 aa  47.8  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000420238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0708  host specificity protein  28.12 
 
 		 1120 aa  47.8  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.024039 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0630  hypothetical protein  22.78 
 
 		 1253 aa  47.4  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1203  fibronectin type III domain-containing protein  26.53 
 
 		 1159 aa  46.6  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.272473  normal  0.0174889 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3188  hypothetical protein  26.92 
 
 		 1158 aa  46.6  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000183265 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1878  hypothetical protein  26.92 
 
 		 1158 aa  46.6  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.1744 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2796  host specificity protein  27.5 
 
 		 1120 aa  46.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1814  hypothetical protein  27.75 
 
 		 230 aa  46.2  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3601  fibronectin, type III domain-containing protein  24.24 
 
 		 694 aa  46.2  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1474  fibronectin type III domain protein  26.26 
 
 		 1012 aa  45.8  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>