44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2876 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2876  ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 407 aa  797    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0331107  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2627  hypothetical protein  90.66 
 
 		 407 aa  672    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.124636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52020  permease protein of ABC transporter  55.53 
 
 		 407 aa  403  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4234  hypothetical protein  51.6 
 
 		 410 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.496459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0465  protein of unknown function DUF214  51.01 
 
 		 410 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00850  hypothetical protein  39.05 
 
 		 399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0095739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2311  hypothetical protein  36.91 
 
 		 397 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23479  hitchhiker  0.0000274996 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1840  hypothetical protein  39.07 
 
 		 408 aa  212  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0143  hypothetical protein  39.85 
 
 		 399 aa  203  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1318  protein of unknown function DUF214  34.45 
 
 		 427 aa  193  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3149  hypothetical protein  32.75 
 
 		 410 aa  166  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.750768  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3221  protein of unknown function DUF214  33.15 
 
 		 395 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.612368  normal  0.761835 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3869  hypothetical protein  30.23 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.000457394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3421  ABC transporter related  29.47 
 
 		 396 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.952582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0902  protein of unknown function DUF214  31.73 
 
 		 399 aa  133  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3132  hypothetical protein  29.8 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0592357  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4057  hypothetical protein  31.09 
 
 		 399 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.058101  normal  0.267304 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1668  protein of unknown function DUF214  31.72 
 
 		 609 aa  99  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1002  protein of unknown function DUF214  25.67 
 
 		 700 aa  56.2  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.95364  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2257  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  28.67 
 
 		 410 aa  48.1  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2589  hypothetical protein  23.3 
 
 		 947 aa  47  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0551  hypothetical protein  43.94 
 
 		 421 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0506  hypothetical protein  39.71 
 
 		 421 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0682613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0541  hypothetical protein  39.71 
 
 		 421 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01930  Predicted permease  29.73 
 
 		 1232 aa  45.8  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.436624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0748  protein of unknown function DUF214  22.27 
 
 		 1068 aa  45.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3477  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  26.8 
 
 		 422 aa  45.8  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3938  hypothetical protein  26.32 
 
 		 414 aa  45.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.158906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1365  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.81 
 
 		 415 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  29.23 
 
 		 850 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3508  protein of unknown function DUF214  29.73 
 
 		 838 aa  44.3  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.40387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1954  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.94 
 
 		 410 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00124198  normal  0.0910172 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0418  protein of unknown function DUF214  22.78 
 
 		 422 aa  43.9  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0611297 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2404  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24 
 
 		 410 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.041887  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0224  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.39 
 
 		 415 aa  43.9  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1809  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  22.49 
 
 		 414 aa  43.9  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1958  protein of unknown function DUF214  28.29 
 
 		 413 aa  43.5  0.006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.8831  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0067  hypothetical protein  24.64 
 
 		 488 aa  43.5  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0938  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.1 
 
 		 414 aa  43.5  0.007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1046  lipoprotein releasing system transmembrane protein  22.1 
 
 		 414 aa  43.5  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  25.9 
 
 		 851 aa  43.5  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1780  protein of unknown function DUF214  24.08 
 
 		 413 aa  43.1  0.008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2393  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24 
 
 		 410 aa  43.5  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000160813  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2156  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25 
 
 		 410 aa  43.1  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.550163  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>