More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1354 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1354  major facilitator transporter  100 
 
 
414 aa  790  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00928923  normal  0.137177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4495  major facilitator transporter  97.1 
 
 
414 aa  720  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.662231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4370  major facilitator transporter  99.03 
 
 
413 aa  776  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0342792 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0961  major facilitator transporter  94.44 
 
 
414 aa  728  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2560  major facilitator transporter  56.62 
 
 
415 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4110  multidrug translocase MdfA  45.13 
 
 
409 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0048  major facilitator transporter  45.28 
 
 
409 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.848234  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0092  major facilitator transporter  45.96 
 
 
415 aa  287  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3760  multidrug translocase  44.13 
 
 
386 aa  285  1e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1334  major facilitator transporter  43.96 
 
 
411 aa  283  5e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.152063 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0869  multidrug translocase MdfA  44.23 
 
 
410 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.468939  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00809  multidrug efflux system protein  43.96 
 
 
410 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0904  multidrug translocase MdfA  43.96 
 
 
410 aa  276  7e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2800  major facilitator transporter  43.96 
 
 
410 aa  276  7e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00826  hypothetical protein  43.96 
 
 
410 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0995  multidrug translocase MdfA  43.96 
 
 
410 aa  276  7e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.0714029 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2800  major facilitator superfamily MFS_1  43.96 
 
 
410 aa  276  7e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.245605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0914  multidrug translocase MdfA  43.68 
 
 
410 aa  274  2e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1018  multidrug resistance protein MdtM  43.96 
 
 
410 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.283578  normal  0.445773 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0938  multidrug resistance protein MdtM  43.96 
 
 
410 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0999  multidrug resistance protein MdtM  43.96 
 
 
410 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0902  multidrug resistance protein MdtM  43.96 
 
 
410 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0970  multidrug resistance protein MdtM  43.96 
 
 
410 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1356  hypothetical protein  36.36 
 
 
426 aa  244  2e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1360  hypothetical protein  36.36 
 
 
426 aa  243  4e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4939  multidrug resistance protein MdtM  33.75 
 
 
410 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3725  major facilitator transporter  35.14 
 
 
408 aa  226  5e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04206  multidrug efflux system protein  33.5 
 
 
410 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.652544  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4884  multidrug resistance protein MdtM  34.86 
 
 
410 aa  225  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800167  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3658  major facilitator superfamily MFS_1  33.5 
 
 
410 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04169  hypothetical protein  33.5 
 
 
410 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.596573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4565  multidrug resistance protein MdtM  33.5 
 
 
410 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5851  multidrug resistance protein MdtM  33.5 
 
 
410 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.720836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4767  multidrug resistance protein MdtM  33.25 
 
 
410 aa  223  7e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4848  multidrug resistance protein MdtM  35.22 
 
 
413 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4872  multidrug resistance protein MdtM  35.22 
 
 
413 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.891982 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4922  multidrug resistance protein MdtM  35.22 
 
 
413 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.353329  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4774  multidrug resistance protein MdtM  35.22 
 
 
413 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.158436  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4920  multidrug resistance protein MdtM  35.22 
 
 
413 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.998541  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4448  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.71 
 
 
424 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  32.03 
 
 
402 aa  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2800  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.75 
 
 
411 aa  120  4e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.92 
 
 
418 aa  120  5e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  31.49 
 
 
414 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.41 
 
 
405 aa  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.02 
 
 
401 aa  113  8e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.94 
 
 
405 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3304  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  27.91 
 
 
412 aa  112  2e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0252324 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.73 
 
 
398 aa  112  2e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2421  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.38 
 
 
416 aa  111  2e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300177  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.94 
 
 
405 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.81 
 
 
399 aa  110  4e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.81 
 
 
401 aa  110  4e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.81 
 
 
399 aa  110  4e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.94 
 
 
434 aa  109  8e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.69 
 
 
393 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.13 
 
 
424 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.67 
 
 
412 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.33 
 
 
461 aa  107  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.41 
 
 
405 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3518  MFS permease  26.28 
 
 
401 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.95 
 
 
396 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.95 
 
 
396 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.50098e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.95 
 
 
396 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.95 
 
 
396 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.95 
 
 
396 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.41 
 
 
405 aa  106  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.24 
 
 
410 aa  106  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25390  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.4 
 
 
414 aa  105  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.721605  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.03 
 
 
397 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.69 
 
 
405 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.96 
 
 
394 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.50315e-07 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1915  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.45 
 
 
411 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0683  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.09 
 
 
403 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8441  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.34 
 
 
411 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0774  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.53 
 
 
403 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0782  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1659  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.01 
 
 
398 aa  104  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.41 
 
 
405 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.41 
 
 
405 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.41 
 
 
458 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.53 
 
 
403 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.53 
 
 
403 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  27.53 
 
 
403 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1774  Bcr/CflA family drug resistance transporter  27.53 
 
 
395 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.66 
 
 
400 aa  103  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  27.73 
 
 
426 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.92 
 
 
403 aa  103  5e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  26.15 
 
 
407 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3830  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.62 
 
 
413 aa  103  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.423466  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.72 
 
 
396 aa  103  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.96 
 
 
411 aa  103  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0318  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.9 
 
 
402 aa  102  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  32.66 
 
 
400 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.47 
 
 
399 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.71 
 
 
437 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00219492  hitchhiker  4.96056e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  24.37 
 
 
396 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  24.37 
 
 
396 aa  102  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.83 
 
 
414 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.51 
 
 
411 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0049  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.27 
 
 
400 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.414965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>