299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3925 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  100 
 
 		 233 aa  471  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  91.42 
 
 		 233 aa  434  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  59.66 
 
 		 227 aa  279  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  62.18 
 
 		 239 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  61.37 
 
 		 233 aa  265  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  51.93 
 
 		 248 aa  223  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  51.93 
 
 		 227 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  50.64 
 
 		 227 aa  222  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3989  gluconate periplasmic binding protein  57.51 
 
 		 233 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  51.5 
 
 		 227 aa  222  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0164  gluconate periplasmic binding protein  57.51 
 
 		 233 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3749  gluconate periplasmic binding protein  57.51 
 
 		 233 aa  223  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  50.64 
 
 		 227 aa  222  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  50.64 
 
 		 227 aa  222  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  50.64 
 
 		 227 aa  222  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  50.64 
 
 		 227 aa  222  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  51.93 
 
 		 227 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  51.5 
 
 		 227 aa  221  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  50.64 
 
 		 227 aa  221  9e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  50.21 
 
 		 227 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  50.21 
 
 		 227 aa  218  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  49.79 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  51.07 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  43.83 
 
 		 230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  37.5 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  40.79 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  40 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  41.79 
 
 		 247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  39.66 
 
 		 243 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  37.17 
 
 		 233 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  41.85 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  36.48 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  37.77 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.77 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  36.05 
 
 		 234 aa  129  6e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  39.65 
 
 		 241 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  37.55 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  39.56 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.79 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  42.79 
 
 		 258 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  37.16 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001878  predicted amidophosphoribosyltransferase  36.02 
 
 		 180 aa  123  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  34.78 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  38.5 
 
 		 244 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  38.63 
 
 		 241 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  38.5 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 		 239 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  34.51 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  33.77 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  32.79 
 
 		 185 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  31.8 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  32.74 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.68 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  36.74 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.73 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  35.37 
 
 		 262 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  31.63 
 
 		 226 aa  112  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  35.68 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  38.16 
 
 		 237 aa  108  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  34.65 
 
 		 249 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  37.56 
 
 		 237 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  37.56 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  34.63 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  29.18 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  32.47 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  34.93 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  32.47 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  35.53 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  32.42 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  31.3 
 
 		 235 aa  102  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  35.94 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  32.47 
 
 		 262 aa  102  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  38.42 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  34.76 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  33.91 
 
 		 252 aa  101  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  33.77 
 
 		 263 aa  101  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  32.58 
 
 		 204 aa  101  9e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  36.27 
 
 		 262 aa  101  9e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  34.2 
 
 		 263 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  34.07 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  33.64 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  35.35 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  31.42 
 
 		 273 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  33.33 
 
 		 263 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  33.72 
 
 		 299 aa  99.8  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  34.26 
 
 		 238 aa  99.4  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  35.15 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  33.48 
 
 		 255 aa  99.4  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  34.12 
 
 		 241 aa  98.6  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  32.74 
 
 		 258 aa  98.6  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  35.5 
 
 		 217 aa  98.2  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  31.98 
 
 		 229 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  32.55 
 
 		 268 aa  97.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  34.15 
 
 		 262 aa  97.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.18 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  32.76 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  36.65 
 
 		 269 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  36.61 
 
 		 270 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 		 260 aa  96.3  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  33.64 
 
 		 245 aa  96.3  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>