103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3474 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3474  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 301 aa  610  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.586797  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  29.29 
 
 		 339 aa  122  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  29.96 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.53 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 341 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.62 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.62 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.07 
 
 		 351 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 341 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  25.83 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.34 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  29.29 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 345 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.17 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 340 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.28 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  25.84 
 
 		 351 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 356 aa  102  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.83 
 
 		 358 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.38 
 
 		 335 aa  94.7  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  25.48 
 
 		 336 aa  92.8  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.48 
 
 		 336 aa  92.4  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.48 
 
 		 339 aa  87.8  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 351 aa  79.3  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  25.26 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.48 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  22.43 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  24.88 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  22.26 
 
 		 334 aa  62.8  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 343 aa  62.4  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.62 
 
 		 338 aa  62  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  23.48 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  29.2 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  27.04 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2025  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.727103  hitchhiker  0.0000000026678 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  24.03 
 
 		 343 aa  54.3  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  32.04 
 
 		 340 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 350 aa  53.5  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  23.75 
 
 		 346 aa  53.5  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  23.81 
 
 		 365 aa  53.1  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 344 aa  52.8  0.000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 322 aa  52.8  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  30.56 
 
 		 345 aa  51.6  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 340 aa  50.8  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0923  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 347 aa  50.8  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 375 aa  49.7  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 335 aa  49.7  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 342 aa  49.7  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1990  putative regulatory lipoprotein  29.75 
 
 		 419 aa  48.9  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.307134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  21.02 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2326  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate- binding protein  28.12 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000119117  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 336 aa  47.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 342 aa  46.6  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  21.57 
 
 		 342 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  26.06 
 
 		 344 aa  46.2  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  21.46 
 
 		 320 aa  46.2  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1808  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 514 aa  45.8  0.0008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0214  ABC transporter periplasmic-binding protein  20.78 
 
 		 337 aa  46.2  0.0008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 322 aa  45.8  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.21 
 
 		 341 aa  45.4  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2683  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  24.32 
 
 		 437 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.322745  normal  0.30829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2751  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  23.53 
 
 		 437 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1958  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.65 
 
 		 338 aa  45.4  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0213047  hitchhiker  1.86869e-16 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 327 aa  45.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.21 
 
 		 341 aa  45.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  26.25 
 
 		 325 aa  45.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  21.29 
 
 		 379 aa  45.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  20.22 
 
 		 339 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0297  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  30.82 
 
 		 340 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  22.71 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 343 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1089  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.85 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.167186  normal  0.0159055 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  21.53 
 
 		 374 aa  44.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  19.93 
 
 		 339 aa  44.3  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1106  hypothetical protein  29.09 
 
 		 428 aa  43.9  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 		 347 aa  42.7  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>