More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1682 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
219 aa  423  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000796266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.04 
 
 
219 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.58 
 
 
220 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.67 
 
 
219 aa  326  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0974  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.02 
 
 
219 aa  307  9e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.970638  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.93 
 
 
219 aa  304  7e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0576  ABC transporter integral membrane protein  83.11 
 
 
219 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.332702 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0559  ABC transporter integral membrane protein  83.11 
 
 
219 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384603  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0620  ABC transporter integral membrane protein  83.11 
 
 
219 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0566  ABC transporter integral membrane protein  83.11 
 
 
219 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0561  ABC transporter integral membrane protein  83.11 
 
 
219 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.9 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  50.73 
 
 
218 aa  194  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.73 
 
 
218 aa  194  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.39 
 
 
217 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  50.69 
 
 
217 aa  188  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.93 
 
 
217 aa  187  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.1 
 
 
225 aa  185  5e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  46.36 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  42.65 
 
 
226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
217 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.54 
 
 
221 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.622159 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  51.15 
 
 
218 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.12 
 
 
222 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.15 
 
 
218 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  48.78 
 
 
225 aa  177  1e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.21 
 
 
221 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.7 
 
 
217 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291848  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  45.93 
 
 
225 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.44 
 
 
221 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3537  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  50.5 
 
 
228 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0228117 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
224 aa  176  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0996  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  52.31 
 
 
217 aa  175  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 
213 aa  175  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  46.41 
 
 
225 aa  175  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
215 aa  175  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.21 
 
 
222 aa  174  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  45.81 
 
 
225 aa  174  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2552  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.7 
 
 
217 aa  174  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.31 
 
 
228 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.17 
 
 
230 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
221 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.81 
 
 
213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  48.62 
 
 
224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.8 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.04 
 
 
223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 
224 aa  171  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  46.36 
 
 
221 aa  171  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  46.36 
 
 
221 aa  171  9e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  50.23 
 
 
218 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  50.23 
 
 
218 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  50.23 
 
 
218 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  48.62 
 
 
224 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  50.23 
 
 
218 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0789  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.8 
 
 
225 aa  170  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.48 
 
 
221 aa  170  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  50.23 
 
 
218 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  50.23 
 
 
218 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.62 
 
 
224 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
221 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1975  ABC transporter permease protein  43.26 
 
 
235 aa  170  2e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00271099  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.39 
 
 
221 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
222 aa  169  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
235 aa  169  3e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0083693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
222 aa  169  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4173  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  50.46 
 
 
217 aa  168  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325664  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0413  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0216  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2557  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0933  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.83 
 
 
246 aa  168  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1651  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2930  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2869  D-methionine ABC transporter, permease protein  50.93 
 
 
217 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
225 aa  167  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
217 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
227 aa  166  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2979  ABC transporter, membrane permease  50.93 
 
 
217 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
221 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
217 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713567  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
217 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.464419  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.260973  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.129763 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.49 
 
 
221 aa  165  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.85 
 
 
221 aa  164  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.85 
 
 
221 aa  164  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.53 
 
 
218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.57 
 
 
217 aa  162  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.07 
 
 
220 aa  161  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
236 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.04 
 
 
214 aa  160  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15851  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
227 aa  159  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.780286 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0165  ABC transporter, permease  46.53 
 
 
222 aa  159  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>