More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0005 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0005  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 396 aa  772    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0005  major facilitator superfamily MFS_1  95.71 
 
 		 396 aa  686    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0005  major facilitator superfamily MFS_1  71.97 
 
 		 394 aa  536  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.32076  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0005  major facilitator superfamily MFS_1  71.14 
 
 		 394 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.695547  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2034  major facilitator superfamily MFS_1  54.87 
 
 		 419 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3708  major facilitator transporter  54.87 
 
 		 405 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1566  major facilitator transporter  54.24 
 
 		 405 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4393  major facilitator transporter  52.89 
 
 		 403 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0689  major facilitator superfamily permease  50 
 
 		 407 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1507  major facilitator transporter  36.07 
 
 		 411 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1964  major facilitator transporter  37.37 
 
 		 440 aa  193  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2519  major facilitator transporter  36.18 
 
 		 414 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.573813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2824  major facilitator transporter  32.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1946  major facilitator transporter  32.28 
 
 		 420 aa  188  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.086986  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1850  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 		 417 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2216  major facilitator superfamily transporter  31.78 
 
 		 411 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.167097 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1556  putative transmembrane transport protein  32.39 
 
 		 422 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.233072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1885  major facilitator transporter  34.35 
 
 		 402 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0613  major facilitator superfamily transporter  33.96 
 
 		 422 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2012  major facilitator transporter  33.43 
 
 		 421 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.147119 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0039  major facilitator superfamily transporter  35.71 
 
 		 420 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.19043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0059  major facilitator transporter  31.14 
 
 		 417 aa  153  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0055  major facilitator superfamily MFS_1  35.22 
 
 		 415 aa  150  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.628299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0083  major facilitator superfamily transporter  33.43 
 
 		 423 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3973  major facilitator superfamily MFS_1  28.13 
 
 		 449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3770  major facilitator superfamily MFS_1  28.84 
 
 		 418 aa  107  5e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1830  major facilitator superfamily MFS_1  26.16 
 
 		 402 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000414074  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2084  major facilitator superfamily MFS_1  28.06 
 
 		 395 aa  90.1  6e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.942608 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1603  major facilitator superfamily MFS_1  28.07 
 
 		 399 aa  86.7  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0711095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6429  major facilitator transporter  26.71 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4483  major facilitator transporter  29.07 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.706987 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1146  major facilitator transporter  26.09 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155488  unclonable  0.000000029988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4585  major facilitator transporter  26.06 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.282305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0724  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0248517  normal  0.732521 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0701  MFS efflux transporter, putative  28.72 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0734  major facilitator transporter  28.72 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.459587 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0735  major facilitator transporter  28.72 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4254  major facilitator transporter  25.8 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2210  major facilitator transporter  24.42 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2124  major facilitator superfamily transporter  25.89 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.204693  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1968  major facilitator transporter  25.09 
 
 		 410 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.620228  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0367  permease  26.16 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.32941  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00430  predicted fosmidomycin efflux system  27.97 
 
 		 406 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00435  hypothetical protein  27.97 
 
 		 406 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3329  major facilitator transporter  26.55 
 
 		 410 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.707628 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0958  major facilitator transporter  25.35 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0556  fosmidomycin resistance protein  27.97 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3131  major facilitator superfamily MFS_1  27.97 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3137  major facilitator transporter  27.97 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.546423  hitchhiker  0.000000426482 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0523  fosmidomycin resistance protein  27.97 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0571  fosmidomycin resistance protein  27.97 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.652835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1844  major facilitator transporter  27.82 
 
 		 389 aa  75.9  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6092  major facilitator superfamily MFS_1  26.64 
 
 		 400 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4588  major facilitator transporter  26.24 
 
 		 412 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0518  fosmidomycin resistance protein  27.62 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2766  major facilitator transporter  27.1 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0156  major facilitator superfamily MFS_1  24.09 
 
 		 408 aa  75.5  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6607  major facilitator transporter  26.69 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.806643  normal  0.758649 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2104  major facilitator transporter  26.47 
 
 		 391 aa  73.9  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.314279 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6505  major facilitator superfamily MFS_1  26.84 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1871  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.565485  hitchhiker  0.00660368 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0962  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1444  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1422  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2366  antibiotic MFS transporter, putative  26.09 
 
 		 420 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.89438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2341  major facilitator superfamily MFS_1  26.1 
 
 		 417 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1681  major facilitator transporter  26.95 
 
 		 402 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1308  major facilitator transporter  27.14 
 
 		 420 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120753  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1365  major facilitator transporter  24.91 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5760  major facilitator transporter  26.69 
 
 		 439 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6125  major facilitator transporter  26.69 
 
 		 439 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.444392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3799  fosmidomycin resistance protein  26.6 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.319996  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0107  major facilitator superfamily MFS_1  27.65 
 
 		 390 aa  72  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.781532  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3923  major facilitator superfamily MFS_1  23.39 
 
 		 418 aa  72  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2972  major facilitator transporter  25.17 
 
 		 422 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1519  major facilitator transporter  25.84 
 
 		 404 aa  72  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.120358  normal  0.496216 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3033  fosmidomycin resistance protein  27.05 
 
 		 404 aa  70.9  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00068897  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1326  major facilitator transporter  23.16 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.686197  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1857  major facilitator superfamily MFS_1  23.82 
 
 		 408 aa  70.5  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0541564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1260  fosmidomycin resistance protein  27.05 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0237353  hitchhiker  0.0000222003 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3507  fosmidomycin resistance protein  25.2 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3837  major facilitator transporter  24.63 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1115  major facilitator transporter  24.04 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1011  major facilitator transporter  25.47 
 
 		 434 aa  69.7  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2162  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1918  fosmidomycin resistance protein  25.2 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.243949  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0600  fosmidomycin resistance protein  25 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.184073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4025  major facilitator superfamily fosmidomycin resistant protein  23.16 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.164373  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1587  major facilitator transporter  25.27 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0539  fosmidomycin resistance protein  25 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1690  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0556  fosmidomycin resistance protein  25 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.809506 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4107  major facilitator transporter  24.73 
 
 		 404 aa  69.3  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.266046  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1953  fosmidomycin resistance protein  25.2 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1437  major facilitator transporter  24.72 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0546  fosmidomycin resistance protein  25 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.268965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0541  fosmidomycin resistance protein  25 
 
 		 406 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.404971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1830  fosmidomycin resistance protein  24.17 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4112  major facilitator transporter  24.91 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0806371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0649  major facilitator transporter  24.88 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.298965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>