More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2771 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  84.54 
 
 
406 aa  677    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  81.44 
 
 
406 aa  659    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
405 aa  809    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  84.04 
 
 
406 aa  674    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  93.27 
 
 
403 aa  747    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  84.54 
 
 
406 aa  681    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  69.25 
 
 
411 aa  569  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.38 
 
 
416 aa  514  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.64 
 
 
415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.61 
 
 
406 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.78 
 
 
395 aa  409  1e-113  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  50.74 
 
 
411 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.18 
 
 
395 aa  356  2.9999999999999997e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.77 
 
 
415 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  44.42 
 
 
396 aa  341  1e-92  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  47.07 
 
 
396 aa  339  5.9999999999999996e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.64 
 
 
426 aa  337  1.9999999999999998e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.81 
 
 
416 aa  335  7e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  46.58 
 
 
396 aa  335  7e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.29 
 
 
423 aa  333  3e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.94 
 
 
407 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.79 
 
 
388 aa  329  6e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  43.65 
 
 
406 aa  329  7e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.32 
 
 
411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  43.65 
 
 
412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45 
 
 
390 aa  326  5e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  41.77 
 
 
544 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  41.98 
 
 
406 aa  323  4e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  41.77 
 
 
577 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  41.77 
 
 
568 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  41.98 
 
 
406 aa  323  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  41.98 
 
 
406 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  41.98 
 
 
406 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.25 
 
 
413 aa  322  7e-87  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.98 
 
 
433 aa  322  8e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  42.3 
 
 
393 aa  322  9.000000000000001e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.18 
 
 
413 aa  321  9.999999999999999e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  40.7 
 
 
418 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.78 
 
 
399 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  40.05 
 
 
413 aa  320  3e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  41.98 
 
 
406 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  40.05 
 
 
413 aa  320  3e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.86 
 
 
406 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.22 
 
 
406 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.98 
 
 
406 aa  319  6e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  43.67 
 
 
421 aa  318  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  42.29 
 
 
395 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.99 
 
 
407 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.45 
 
 
418 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
419 aa  317  3e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.63 
 
 
407 aa  317  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  43.64 
 
 
420 aa  316  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  38.77 
 
 
427 aa  316  4e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.75 
 
 
406 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  41.23 
 
 
406 aa  316  6e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
406 aa  315  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  41.23 
 
 
406 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.49 
 
 
452 aa  315  7e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.12 
 
 
407 aa  315  7e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
409 aa  315  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.01 
 
 
406 aa  315  9e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  41.34 
 
 
390 aa  313  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  41.4 
 
 
407 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.99 
 
 
406 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
415 aa  313  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.18 
 
 
404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.83 
 
 
415 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.64 
 
 
400 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  41.15 
 
 
407 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
418 aa  312  9e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.49 
 
 
407 aa  311  9e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  43.75 
 
 
401 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
394 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  47.38 
 
 
381 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
424 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.4 
 
 
381 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
406 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  39.75 
 
 
406 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
406 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.28 
 
 
435 aa  309  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
434 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
407 aa  309  5.9999999999999995e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.45 
 
 
413 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
426 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
418 aa  307  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.54 
 
 
406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  41.46 
 
 
393 aa  306  6e-82  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.45 
 
 
407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.21 
 
 
405 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.94 
 
 
394 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  39.71 
 
 
408 aa  302  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.55 
 
 
406 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  40.99 
 
 
448 aa  301  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.09 
 
 
406 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.13 
 
 
406 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.29 
 
 
415 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.8 
 
 
387 aa  300  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.77 
 
 
406 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  38.82 
 
 
450 aa  298  1e-79  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>