More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01946 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  67.76 
 
 
458 aa  638  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  100 
 
 
457 aa  937  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  71.83 
 
 
457 aa  673  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  67.54 
 
 
458 aa  634  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  66.88 
 
 
458 aa  631  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  66.88 
 
 
458 aa  632  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  66.67 
 
 
458 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  66.88 
 
 
458 aa  630  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  66.67 
 
 
458 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  66.01 
 
 
458 aa  626  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  1.07679e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  66.67 
 
 
458 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  65.36 
 
 
458 aa  625  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  65.58 
 
 
458 aa  625  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  66.67 
 
 
458 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  66.67 
 
 
458 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  65.58 
 
 
458 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  66.45 
 
 
458 aa  621  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  65.58 
 
 
458 aa  621  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  65.8 
 
 
458 aa  613  1e-174  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  58.26 
 
 
460 aa  554  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  60.17 
 
 
463 aa  553  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  58.26 
 
 
468 aa  550  1e-155  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  59.26 
 
 
458 aa  546  1e-154  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  59.61 
 
 
463 aa  545  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  60.74 
 
 
459 aa  543  1e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  60.43 
 
 
469 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  60.17 
 
 
458 aa  540  1e-152  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  59.78 
 
 
458 aa  540  1e-152  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  60.87 
 
 
458 aa  538  1e-152  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  60.65 
 
 
458 aa  539  1e-152  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  60.39 
 
 
458 aa  541  1e-152  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  60.17 
 
 
458 aa  540  1e-152  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  60.74 
 
 
458 aa  539  1e-152  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  60.17 
 
 
458 aa  541  1e-152  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  59.91 
 
 
457 aa  535  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  60.43 
 
 
458 aa  537  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  60.7 
 
 
473 aa  535  1e-151  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  59.61 
 
 
455 aa  537  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  59.57 
 
 
458 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  61.52 
 
 
458 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  58.96 
 
 
460 aa  532  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  59.61 
 
 
461 aa  528  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  58.92 
 
 
462 aa  530  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  58.55 
 
 
465 aa  525  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  55.97 
 
 
458 aa  528  1e-148  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  57.42 
 
 
457 aa  528  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  55.88 
 
 
475 aa  525  1e-148  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  60.22 
 
 
458 aa  528  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 
461 aa  525  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  59.18 
 
 
461 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  59.78 
 
 
458 aa  521  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  58.53 
 
 
490 aa  521  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  59.09 
 
 
462 aa  524  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  56.24 
 
 
454 aa  521  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 
461 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 
529 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  58.53 
 
 
545 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  56.24 
 
 
454 aa  521  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  58.55 
 
 
465 aa  520  1e-146  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  58.32 
 
 
504 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  57.02 
 
 
453 aa  521  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  58.53 
 
 
504 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 
461 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  58.84 
 
 
462 aa  518  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  57.88 
 
 
464 aa  518  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  57.85 
 
 
462 aa  518  1e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  58.53 
 
 
461 aa  516  1e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  58.53 
 
 
461 aa  516  1e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  57.63 
 
 
462 aa  517  1e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  58.24 
 
 
464 aa  514  1e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  55.36 
 
 
461 aa  517  1e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  56.96 
 
 
455 aa  515  1e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  56.02 
 
 
454 aa  515  1e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  57.97 
 
 
462 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  56.96 
 
 
455 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  56.96 
 
 
455 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  57.82 
 
 
464 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  56.74 
 
 
455 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  56.96 
 
 
455 aa  514  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  56.83 
 
 
455 aa  512  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  56.96 
 
 
455 aa  514  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  55.8 
 
 
454 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  55.8 
 
 
454 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  56.96 
 
 
455 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  56.74 
 
 
455 aa  511  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  55.14 
 
 
454 aa  513  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  55.8 
 
 
454 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  54.7 
 
 
454 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  54.49 
 
 
454 aa  508  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  54.49 
 
 
454 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  54.7 
 
 
454 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  55.92 
 
 
464 aa  510  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>