More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0207 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  522  1e-147  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24130  short-chain alcohol dehydrogenase  71.95 
 
 
266 aa  352  5e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23940  short-chain alcohol dehydrogenase  64.68 
 
 
280 aa  305  3e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.393654  normal  0.784232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2571  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
252 aa  269  2.9999999999999997e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.83336 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
250 aa  257  2e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09810  short-chain alcohol dehydrogenase  57.96 
 
 
261 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0913042  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
254 aa  250  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
254 aa  251  1e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.96 
 
 
253 aa  249  4e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.659943  normal  0.282121 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.52 
 
 
264 aa  248  7e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  54.84 
 
 
245 aa  248  9e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
253 aa  246  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000671935 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
248 aa  241  7.999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
248 aa  240  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.04 
 
 
261 aa  232  4.0000000000000004e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
259 aa  227  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.68 
 
 
250 aa  227  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.908331 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2400  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
253 aa  224  9e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  51.76 
 
 
251 aa  216  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
252 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02630  short-chain alcohol dehydrogenase  51.43 
 
 
243 aa  209  5e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396729  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
251 aa  206  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.295469  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
252 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
251 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.196644  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
251 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60736  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
251 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.410016 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09940  short-chain alcohol dehydrogenase  47.24 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.920602  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
261 aa  195  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
243 aa  195  6e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  42.56 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0791624  normal  0.128025 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
250 aa  169  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
248 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.295991  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
248 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
254 aa  165  8e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  43.15 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.77 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1864  3-hydroxy acid dehydrogenase  43.88 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.612513  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1976  3-hydroxy acid dehydrogenase  43.88 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2290  3-hydroxy acid dehydrogenase  43.46 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  42.13 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1378  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.19 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.73447  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2076  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3251  putative short-chain dehydrogenase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0832  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2666  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.99175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3198  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.964469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1944  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
253 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
248 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
248 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  41.1 
 
 
249 aa  159  6e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 
248 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.51 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
252 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
250 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
253 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
250 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
248 aa  155  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
250 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  40.08 
 
 
248 aa  155  9e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  41.77 
 
 
249 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.66 
 
 
250 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2155  3-hydroxy acid dehydrogenase  40.17 
 
 
248 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000180953  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
256 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1893  3-hydroxy acid dehydrogenase  40.41 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565969  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01498  L-allo-threonine dehydrogenase, NAD(P)-binding  40.17 
 
 
248 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000675994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
248 aa  152  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000149507  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0122  oxidoreductase  40.66 
 
 
253 aa  152  4e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.49595  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  41.18 
 
 
248 aa  152  4e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000194485  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
250 aa  152  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0530041  hitchhiker  0.00231678 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1626  3-hydroxy acid dehydrogenase  40.17 
 
 
248 aa  152  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000177661  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  40.17 
 
 
248 aa  152  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124318  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01509  hypothetical protein  40.17 
 
 
248 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000865743  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0488  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.83 
 
 
253 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.596302  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1968  glucose/ribitol dehydrogenase  40.68 
 
 
250 aa  152  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140483 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0602  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
254 aa  151  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0114024  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
271 aa  151  8.999999999999999e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1939  3-hydroxy acid dehydrogenase  38.91 
 
 
248 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.75 
 
 
248 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
258 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.75 
 
 
248 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80053  NADP(+)-dependent dehydrogenase acts on serine, L-allo-threonine, and other 3-hydroxy acids  39.15 
 
 
269 aa  151  1e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
249 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
254 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.33 
 
 
254 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1701  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.75 
 
 
248 aa  149  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000649919  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.51 
 
 
254 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  40.08 
 
 
249 aa  149  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
254 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
255 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
258 aa  148  8e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0189644  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.08 
 
 
249 aa  148  8e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
253 aa  148  8e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>