More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0134 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0134  amino acid permease  100 
 
 		 527 aa  1071    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.91384 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1517  gamma-aminobutyrate permease  70.88 
 
 		 507 aa  733    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0542  gamma-aminobutyrate permease or related permease  53.17 
 
 		 463 aa  504  1e-141  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000937541  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1307  gamma-aminobutyrate permease related permease  50.41 
 
 		 468 aa  472  1e-132  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0012668  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1480  amino acid permease  52.28 
 
 		 462 aa  470  1.0000000000000001e-131  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000231717  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0663  gamma-aminobutyrate permease related permease  48.07 
 
 		 457 aa  448  1e-125  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1747  gamma-aminobutyrate permease or related permease  49.57 
 
 		 446 aa  447  1.0000000000000001e-124  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0402  gamma-aminobutyrate permease related permease  43.16 
 
 		 459 aa  399  9.999999999999999e-111  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000611596  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0401  gamma-aminobutyrate permease related permease  43.04 
 
 		 460 aa  391  1e-107  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.387816  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4632  D-alanine/D-serine/glycine permease  38.25 
 
 		 468 aa  330  6e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3098  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.58 
 
 		 474 aa  323  6e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4840  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.2 
 
 		 468 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.317801  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4718  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.2 
 
 		 468 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0466612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4896  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.7 
 
 		 473 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673653  normal  0.259186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4794  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.81 
 
 		 467 aa  312  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4759  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.81 
 
 		 467 aa  312  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.329595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0378  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.47 
 
 		 469 aa  312  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000253333  normal  0.311262 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4666  D-alanine/D-serine/glycine permease  38.11 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0386097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4816  D-alanine/D-serine/glycine permease  38.11 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4676  D-alanine/D-serine/glycine permease  38.11 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00205284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2608  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.19 
 
 		 487 aa  309  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4749  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.05 
 
 		 470 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000228678  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04080  D-alanine/D-serine/glycine transporter  37.26 
 
 		 470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000357991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3785  amino acid permease-associated region  37.26 
 
 		 470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000255253  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4458  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.26 
 
 		 467 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000362617  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04043  hypothetical protein  37.26 
 
 		 470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000255427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4776  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.26 
 
 		 470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5725  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.26 
 
 		 470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00067927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3798  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.26 
 
 		 470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000560112  normal  0.948087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0405  D-alanine/D-serine/glycine permease  39.67 
 
 		 457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3773  amino acid permease-associated region  36.83 
 
 		 502 aa  304  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3739  D-alanine/D-serine/glycine permease  37.58 
 
 		 482 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1825  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.55 
 
 		 466 aa  296  5e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.20063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1591  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.86 
 
 		 470 aa  296  6e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4685  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.21 
 
 		 467 aa  295  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000407821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2142  amino acid permease family protein  35.87 
 
 		 459 aa  294  3e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0100  amino acid permease-associated region  38.69 
 
 		 449 aa  294  3e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000148817  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2361  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.9 
 
 		 474 aa  294  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2259  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.9 
 
 		 471 aa  294  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.046598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2045  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.9 
 
 		 471 aa  293  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488299  normal  0.01176 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2672  D-alanine/D-serine/glycine permease  36.66 
 
 		 470 aa  293  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0539  amino acid permease-associated region  37.6 
 
 		 513 aa  290  4e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0172  amino acid permease-associated region  36.75 
 
 		 468 aa  289  8e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30130  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  35.7 
 
 		 503 aa  289  1e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.362555 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0103  gamma-aminobutyrate permease related permease  39.19 
 
 		 449 aa  288  1e-76  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000103198  hitchhiker  0.00000046337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  36.84 
 
 		 475 aa  288  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1301  amino acid permease-associated region  37.28 
 
 		 448 aa  283  8.000000000000001e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  35.19 
 
 		 459 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4275  amino acid permease-associated region  35.62 
 
 		 467 aa  278  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2464  amino acid permease-associated region  36.12 
 
 		 469 aa  277  3e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025431  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2513  amino acid permease-associated region  36.12 
 
 		 469 aa  277  3e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0665501  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1787  amino acid permease-associated region  36.85 
 
 		 453 aa  276  4e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1753  amino acid permease-associated region  36.85 
 
 		 453 aa  276  4e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0124899  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0916  D-serine/D-alanine/glycine transporter  35.46 
 
 		 466 aa  276  9e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.104508  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1516  amino acid permease-associated region  38.2 
 
 		 469 aa  276  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1260  amino acid permease family protein  36.32 
 
 		 452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  33.84 
 
 		 463 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2017  amino acid permease family protein  35.27 
 
 		 458 aa  274  2.0000000000000002e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000181843  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  33.62 
 
 		 463 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  33.84 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  33.84 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  33.84 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  36.4 
 
 		 460 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  33.84 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  33.84 
 
 		 463 aa  273  6e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0620  phenylalanine transporter  33.07 
 
 		 464 aa  273  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.455988 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  33.47 
 
 		 485 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  34.63 
 
 		 461 aa  272  9e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0735  phenylalanine transporter  33.07 
 
 		 464 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0983  amino acid permease-associated region  36.11 
 
 		 473 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.604277  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3992  putative transport protein YifK  33.13 
 
 		 482 aa  272  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00908983  normal  0.184456 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0613  phenylalanine transporter  33.07 
 
 		 464 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0679  phenylalanine transporter  33.07 
 
 		 464 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0669  phenylalanine transporter  33.07 
 
 		 464 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.674612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1448  amino acid permease-associated region  37.23 
 
 		 473 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  35.77 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  35.77 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  35.77 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0194  putative transport protein YifK  34.43 
 
 		 463 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145186  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0524  putative transport protein YifK  34.23 
 
 		 463 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000495635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4021  putative transport protein YifK  34.23 
 
 		 463 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0268328  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  33.61 
 
 		 462 aa  270  4e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  33.19 
 
 		 463 aa  269  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11719  D-serine/alanine/glycine transporter protein cycA  36.87 
 
 		 556 aa  268  1e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.636709  normal  0.17883 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  34.42 
 
 		 447 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  34.42 
 
 		 447 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  34.42 
 
 		 447 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  35.33 
 
 		 471 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  32.83 
 
 		 463 aa  268  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4796  amino acid permease-associated region  34.6 
 
 		 474 aa  268  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0905824  normal  0.72838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0657  phenylalanine transporter  31.99 
 
 		 470 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3999  putative transport protein YifK  33.33 
 
 		 463 aa  267  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1059  phenylalanine transporter  32.92 
 
 		 462 aa  266  5e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4905  amino acid permease-associated region  33.84 
 
 		 467 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.963785  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3611  amino acid permease-associated region  35.19 
 
 		 493 aa  266  5.999999999999999e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  35.86 
 
 		 467 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  32.85 
 
 		 485 aa  266  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  32.76 
 
 		 463 aa  265  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3053  amino acid permease-associated region  31.79 
 
 		 470 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5031  amino acid ABC transporter permease  33.84 
 
 		 467 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>