253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_2103 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 75 aa  152  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  89.19 
 
 		 74 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 74 aa  118  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  64.29 
 
 		 86 aa  105  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  64.79 
 
 		 80 aa  104  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  65.22 
 
 		 83 aa  102  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  65.71 
 
 		 82 aa  102  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  65.22 
 
 		 80 aa  100  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  69.7 
 
 		 82 aa  100  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  63.77 
 
 		 85 aa  100  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  61.43 
 
 		 83 aa  99.8  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  58.11 
 
 		 84 aa  98.2  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  62.32 
 
 		 80 aa  97.1  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  63.01 
 
 		 86 aa  97.1  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  59.46 
 
 		 80 aa  95.1  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  61.97 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  61.43 
 
 		 80 aa  94  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  57.97 
 
 		 84 aa  92.4  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 76 aa  89.4  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  54.29 
 
 		 85 aa  81.6  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  56.92 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  52 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  56.92 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  55.88 
 
 		 88 aa  80.1  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  52.86 
 
 		 77 aa  79.7  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  57.81 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 77 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 77 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2051  host factor Hfq  63.93 
 
 		 74 aa  79  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.5698699999999994e-20  hitchhiker  0.000000013657 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 77 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  52.11 
 
 		 109 aa  79.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1772  RNA chaperone Hfq  63.93 
 
 		 74 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000203944  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  49.28 
 
 		 85 aa  77.8  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1999  hfq protein  62.3 
 
 		 74 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000129035  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  57.81 
 
 		 175 aa  77.4  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 80 aa  77.8  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 77 aa  77.4  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  51.39 
 
 		 193 aa  77.4  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  54.55 
 
 		 98 aa  77  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  50.7 
 
 		 83 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  50.7 
 
 		 84 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  50.7 
 
 		 84 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  50.7 
 
 		 84 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  51.39 
 
 		 82 aa  75.9  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0871  host factor-I protein, putative  50.72 
 
 		 79 aa  75.5  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.942463  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  50.7 
 
 		 82 aa  75.5  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  54.84 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  47.14 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  56.67 
 
 		 84 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  56.67 
 
 		 84 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  48.57 
 
 		 83 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  52.17 
 
 		 83 aa  74.3  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  58.33 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 81 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  49.28 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  53.12 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  53.97 
 
 		 196 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  55.38 
 
 		 80 aa  73.2  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 82 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  47.83 
 
 		 83 aa  73.2  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2013  RNA chaperone Hfq  47.22 
 
 		 92 aa  73.2  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  47.89 
 
 		 83 aa  72.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  46.38 
 
 		 79 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  46.38 
 
 		 79 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0009  hypothetical protein  50.79 
 
 		 85 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0009  hypothetical protein  50.79 
 
 		 85 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  47.06 
 
 		 79 aa  72  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 92 aa  72  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 82 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  47.83 
 
 		 80 aa  72.4  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 82 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  49.3 
 
 		 78 aa  72  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  44.29 
 
 		 89 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 82 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 82 aa  72.4  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 82 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  47.06 
 
 		 79 aa  72  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  47.06 
 
 		 79 aa  72  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  47.06 
 
 		 79 aa  72  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  47.95 
 
 		 77 aa  72  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  46.38 
 
 		 79 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  49.3 
 
 		 78 aa  72  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>