More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0285 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  72.91 
 
 
453 aa  664  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.66532e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  82.89 
 
 
449 aa  755  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  100 
 
 
450 aa  898  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  67.11 
 
 
448 aa  602  1e-171  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  66.81 
 
 
450 aa  595  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  65.78 
 
 
460 aa  592  1e-168  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.85269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  57.08 
 
 
457 aa  526  1e-148  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  55.56 
 
 
458 aa  517  1e-145  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  55.56 
 
 
458 aa  512  1e-144  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-144  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-144  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  55.56 
 
 
458 aa  513  1e-144  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-143  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  55.75 
 
 
484 aa  508  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  509  1e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  55.33 
 
 
458 aa  511  1e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  56.54 
 
 
453 aa  503  1e-141  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  55.78 
 
 
453 aa  500  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  53.44 
 
 
454 aa  496  1e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  55.83 
 
 
454 aa  497  1e-139  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  54.75 
 
 
454 aa  490  1e-137  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  54.75 
 
 
454 aa  490  1e-137  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  55.7 
 
 
465 aa  491  1e-137  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  56.1 
 
 
448 aa  490  1e-137  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  55.82 
 
 
452 aa  489  1e-137  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  55.3 
 
 
457 aa  486  1e-136  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  55.78 
 
 
449 aa  487  1e-136  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  56.26 
 
 
462 aa  481  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3182  DNA repair protein RadA  55.26 
 
 
465 aa  479  1e-134  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.540345 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  55.26 
 
 
449 aa  480  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  53.76 
 
 
453 aa  473  1e-132  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  52.69 
 
 
451 aa  474  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.21912e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  52.29 
 
 
459 aa  473  1e-132  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02144e-10 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  57.08 
 
 
462 aa  471  1e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  51.11 
 
 
457 aa  469  1e-131  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  57.93 
 
 
471 aa  469  1e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  52.56 
 
 
452 aa  471  1e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  54.85 
 
 
489 aa  468  1e-130  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  52 
 
 
452 aa  464  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  57.08 
 
 
462 aa  463  1e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  50.88 
 
 
470 aa  463  1e-129  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  47.54 
 
 
457 aa  461  1e-128  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  50.56 
 
 
476 aa  457  1e-127  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 
457 aa  451  1e-126  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 
458 aa  452  1e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  49.11 
 
 
446 aa  449  1e-125  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 
457 aa  449  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  55.75 
 
 
415 aa  450  1e-125  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  48.77 
 
 
520 aa  451  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  52.22 
 
 
453 aa  451  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  56.46 
 
 
445 aa  446  1e-124  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  47.85 
 
 
514 aa  446  1e-124  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  47.85 
 
 
514 aa  446  1e-124  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  53.98 
 
 
451 aa  447  1e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  51.57 
 
 
462 aa  445  1e-124  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  51.46 
 
 
462 aa  444  1e-123  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  53.04 
 
 
464 aa  443  1e-123  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0157  DNA repair protein RadA  55.36 
 
 
408 aa  438  1e-122  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  52.11 
 
 
453 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  47.32 
 
 
451 aa  437  1e-121  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  2.62714e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  47.41 
 
 
517 aa  436  1e-121  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  52.33 
 
 
453 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  49.46 
 
 
507 aa  436  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  51.57 
 
 
460 aa  436  1e-121  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 
462 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2017  DNA repair protein RadA  52.88 
 
 
464 aa  432  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.404277  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 
457 aa  432  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  51.33 
 
 
455 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  47.14 
 
 
453 aa  433  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  51.63 
 
 
463 aa  434  1e-120  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 
451 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  54.14 
 
 
452 aa  434  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  54.14 
 
 
452 aa  434  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  50.56 
 
 
447 aa  434  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  52.88 
 
 
448 aa  435  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
450 aa  432  1e-120  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  51.44 
 
 
453 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  54.31 
 
 
474 aa  430  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  52.77 
 
 
453 aa  431  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
451 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 
450 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 
453 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  48.83 
 
 
455 aa  430  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 
455 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  51.66 
 
 
452 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  50.88 
 
 
455 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1179  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 
457 aa  425  1e-118  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.595072 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
457 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  48.36 
 
 
461 aa  426  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  51.44 
 
 
452 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  51.66 
 
 
452 aa  428  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 
455 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 
456 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  51.22 
 
 
453 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  47.6 
 
 
482 aa  424  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  46.48 
 
 
453 aa  422  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  47.56 
 
 
518 aa  423  1e-117  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>