26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0062 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  100 
 
 		 110 aa  225  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  40.62 
 
 		 672 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  36.59 
 
 		 768 aa  60.1  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  35.37 
 
 		 763 aa  57  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.08 
 
 		 776 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  31.87 
 
 		 692 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  36.05 
 
 		 565 aa  54.3  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  36 
 
 		 681 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  32.18 
 
 		 665 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  29.47 
 
 		 611 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  36.62 
 
 		 743 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.47 
 
 		 702 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.35 
 
 		 708 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.35 
 
 		 707 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.35 
 
 		 708 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.35 
 
 		 708 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.35 
 
 		 708 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.35 
 
 		 708 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  27.35 
 
 		 657 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  30.34 
 
 		 760 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  33.33 
 
 		 562 aa  47  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  31.51 
 
 		 723 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.11 
 
 		 840 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.12 
 
 		 798 aa  43.9  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  29.41 
 
 		 667 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  31.67 
 
 		 602 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>