More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3477 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  100 
 
 
322 aa  650  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  97.2 
 
 
322 aa  631  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  77.64 
 
 
322 aa  509  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  75 
 
 
322 aa  498  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  1.80398e-12  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  74.38 
 
 
322 aa  487  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  71.25 
 
 
322 aa  471  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  72.67 
 
 
322 aa  459  1e-128  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  53.12 
 
 
322 aa  341  1e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  50.16 
 
 
323 aa  310  3e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  49.53 
 
 
322 aa  295  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  46.2 
 
 
331 aa  292  4e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  47.13 
 
 
322 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  49.52 
 
 
341 aa  290  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  46.3 
 
 
360 aa  289  4e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  47.48 
 
 
325 aa  289  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  47.47 
 
 
325 aa  288  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  46.67 
 
 
322 aa  288  8e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.78 
 
 
322 aa  285  8e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  46.25 
 
 
334 aa  285  1e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.5 
 
 
322 aa  284  2e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  44.06 
 
 
341 aa  283  3e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  46.96 
 
 
322 aa  282  5e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  47.15 
 
 
325 aa  282  5e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  47.17 
 
 
325 aa  282  7e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  46.65 
 
 
322 aa  281  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  46.18 
 
 
322 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  46.84 
 
 
322 aa  281  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  4.62084e-05  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  47.45 
 
 
321 aa  281  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.04163e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  43.75 
 
 
345 aa  280  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  44.69 
 
 
320 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  45.57 
 
 
323 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  46.65 
 
 
322 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2517  Polyprenyl synthetase  47.54 
 
 
322 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2899  octaprenyl-diphosphate synthase  47.54 
 
 
322 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  45.6 
 
 
323 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.0929e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  46.54 
 
 
323 aa  279  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  3.24786e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  46.33 
 
 
322 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
323 aa  279  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.59787e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
370 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
370 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
370 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
370 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
370 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  5.67296e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  9.96752e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.5877e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.47788e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.39544e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 
323 aa  278  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  46.25 
 
 
323 aa  278  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  45.54 
 
 
344 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.31 
 
 
322 aa  275  7e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  46.33 
 
 
322 aa  275  8e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.07661e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  45.74 
 
 
358 aa  275  9e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  47.19 
 
 
323 aa  274  1e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  6.12724e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  44.86 
 
 
339 aa  274  1e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  46.18 
 
 
322 aa  274  2e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  45.77 
 
 
334 aa  273  2e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  44.79 
 
 
336 aa  274  2e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  44.9 
 
 
322 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  44.38 
 
 
335 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  46.25 
 
 
323 aa  273  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.27512e-05  decreased coverage  5.00836e-06 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  44.44 
 
 
322 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  45.71 
 
 
343 aa  273  4e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  45.64 
 
 
328 aa  272  5e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  45.3 
 
 
340 aa  272  6e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  45.31 
 
 
335 aa  271  8e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  42.54 
 
 
351 aa  271  9e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  46.98 
 
 
337 aa  271  1e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  42.9 
 
 
338 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  43.12 
 
 
336 aa  270  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  45.65 
 
 
333 aa  270  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.46804e-07  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  45.77 
 
 
323 aa  270  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  7.77945e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  43.12 
 
 
336 aa  270  2e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  47.67 
 
 
327 aa  270  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  46.25 
 
 
330 aa  270  3e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  45.05 
 
 
313 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  44.97 
 
 
323 aa  269  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  4.11512e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  42.19 
 
 
337 aa  269  6e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  44.97 
 
 
323 aa  269  6e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  8.13107e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  44.94 
 
 
336 aa  268  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  44.97 
 
 
356 aa  268  8e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  49.64 
 
 
327 aa  268  8e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  46.2 
 
 
330 aa  268  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  45.08 
 
 
338 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  42.5 
 
 
336 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  42.22 
 
 
339 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  44.65 
 
 
323 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  4.37093e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  45.28 
 
 
323 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.29591e-06  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  43.22 
 
 
327 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  42.9 
 
 
348 aa  266  3e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  3.55591e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  44.72 
 
 
323 aa  266  3e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  46.6 
 
 
333 aa  266  4e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0752  trans-hexaprenyltranstransferase  47.19 
 
 
327 aa  266  5e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0130726 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  43.85 
 
 
323 aa  265  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  42.68 
 
 
336 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  43.67 
 
 
337 aa  265  5e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  44.55 
 
 
323 aa  265  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  44.16 
 
 
333 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>