More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3277 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 264 aa  527  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  98.11 
 
 		 264 aa  519  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.17 
 
 		 256 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  62.36 
 
 		 263 aa  350  1e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  49.36 
 
 		 277 aa  237  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 		 262 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  42.22 
 
 		 265 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  45.33 
 
 		 266 aa  207  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  46.22 
 
 		 268 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  43.8 
 
 		 255 aa  205  6e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  45.78 
 
 		 265 aa  205  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  40.89 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 267 aa  201  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  40.66 
 
 		 274 aa  194  9e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  39.16 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  40.34 
 
 		 275 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  36.43 
 
 		 266 aa  185  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  42.54 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  42.54 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  35.66 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  35.66 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  35.66 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  35.52 
 
 		 266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  35.66 
 
 		 266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  35.52 
 
 		 266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  35.52 
 
 		 266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  34.75 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  34.75 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  35.27 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  35.27 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  34.88 
 
 		 266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  38.4 
 
 		 286 aa  177  1e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  35.94 
 
 		 265 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.93 
 
 		 284 aa  175  7e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  36.58 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  36.58 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  36.58 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  35.23 
 
 		 262 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.34 
 
 		 262 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  37.7 
 
 		 264 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  36.96 
 
 		 264 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  35.86 
 
 		 265 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.46 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  37.3 
 
 		 264 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  36.89 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  34.11 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  35 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  40.08 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  37.13 
 
 		 266 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  39.47 
 
 		 265 aa  161  9e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 		 260 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.33 
 
 		 276 aa  159  6e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 270 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.88 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.33 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.27 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 		 264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 		 264 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.34 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 264 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.66 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  34.66 
 
 		 260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 246 aa  152  5e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  34.66 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 253 aa  152  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.46 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  34.09 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.08 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 266 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.3 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  32.3 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.91 
 
 		 264 aa  142  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.74 
 
 		 266 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 264 aa  141  9e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.91 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.91 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>